Так, сразу же после вступления российских отрядов и кавалеристов генерал-майора А.X. Бенкендорфа в Москву, последний был назначен комендантом города и немедленно приказал арестовать купца Находкина. При этом у него отобрали все имевшиеся книги и бумаги. На их основании был составлен «реестр чиновникам разных должностей по муниципалитету во время пребывания в Москве неприятеля».
Уже 9 ноября 1812 г. по инициативе сенатора графа Ф. Ростопчина высочайшим указом, данным Сенату, была образована соответствующая следственная комиссия, которая должна была определить степень виновности всех лиц, сотрудничавших с неприятелем. Членами комиссии, кроме Ростопчина, были назначены петербургские сенаторы К. Модерах и А. Болотников. До декабря длился подготовительный период, в течение которого полиция устанавливала круг виновных и степень их вины, после чего комиссия стала вызывать на свои заседания как лиц, находившихся под следствием, так и свидетелей. К примеру, надворный советник Г. Вишневский, привлеченный к дознанию по доносу, показал, что в день вступления неприятельских войск не отлучался из Запасного дворца, в доказательство чего представил фамилии 56 свидетелей, проживавших на тот момент во дворце. Модерах просил генерал-майора Ивашкина (занимался эвакуацией жителей и государственных учреждений из Москвы при приближении неприятеля, а после освобождения города руководил борьбой с мародерами) проверить показания хотя бы 10 человек, чтобы не замедлялось расследование.
Необходимо указать, что, еще находясь во Владимире, граф Ростопчин начал активно собирать сведения о лицах, подозреваемых в сношениях с неприятелем. По сути, практически всех подозреваемых военные и гражданские власти губерний задерживали и отправляли к нему. Арестованных помещали во Владимирском остроге. Из тех, кто попал к Ростопчину, можно выделить прапорщика лейб-гвардейского Литовского полка Одеде-Сиона (был арестован по прямому приказанию М. Кутузова). Сион обвинялся по доносу французского шпиона в сношениях с неприятелем и отправке писем вестфальскому королю Иерониму – брату Наполеона. На допросе он показал, что, будучи ранен при Бородино, отправился для лечения в Москву, где остановился в доме генерал-майора Татищева. Узнав об оставлении Москвы российскими войсками – собирался бежать, но уже не смог. Стараясь не попасть в плен, прапорщик переоделся в крестьянское платье, и французы, совершенно принимая его за мужика, заставляли носить воду, тушить пожары. При этом приходилось сносить и побои. Через десять дней после появления неприятеля в городе Сиону удалось ночью бежать из Москвы и явиться к барону Винценгероде, который командовал «летучими» (партизанскими) кавалерийскими отрядами русской армии. Последний отправил его с бумагами к Кутузову, а тот на основании показаний французского шпиона приказал арестовать прапорщика. В качестве свидетелей Сион ссылался на дворовых генерал-майора Татищева. Впоследствии дворовые в точности подтвердили его показания, и, не найдя более ничего подозрительного, комиссия записала в журнале «отправить его, Сиона, куда следует». Как результат, в январе 1813 г. Сион был отправлен в Петербург к председателю Комитета министров С. Вязмитинову, а после был признан невиновным.
Собрав все необходимые документы и свидетельства, указанная комиссия составила общий список обвиняемых, разделив их на несколько групп:
– чиновники, состоявшие на государственной службе или находившиеся в отставке;
– купцы;
– иностранцы, принявшие присягу на русское подданство;
– иностранцы, не принимавшие присягу;
– в отдельную группу были выделены три человека – дворовый Е. Ушаков, вольноотпущенный И. Ермолаев и воспитанник военно-сиротского отделения Н. Репников.
Естественно, что вина чиновников или иностранцев, принявших присягу, считалась значительно большей, чем купцов или иностранных подданных. В общий список подследственных были включены фамилии 69 человек. Позже к ним добавили имена помощников Находкина – Бестужева-Рюмина и Коробова.
Среди содержавшихся во временной тюрьме было также трое помещиков Смоленской губернии, занимавших полицейские должности при оккупации Смоленска и не подлежавших ведению Московской комиссии. В связи с тем, что они не имели знакомых в Москве, за них долго никто не мог поручиться, и они оставались под арестом до начала 1814 года.
16 февраля 1813 г. Комиссия представила оконченное следствие министру юстиции Д. Трощинскому, который направил его в Сенат. Сенат затребовал по некоторым подсудимым дополнительные сведения, в частности формулярные списки тех чиновников, которые ранее не смогли это сделать. Это задержало окончательное решение, которое было принято только в 1814 года.