В конце раннемеловой эпохи (апт — альбе) происходит очередная перестройка местности, в результате которой возникают новые озерные бассейны, а существовавшие водоемы расширяют свою акваторию. Так, например, на территории Заалтайской Гоби появляется обширный пресноводный бассейн, на дне которого отложились мощные осадочные толщи. Аналогичные осадки обнаружены почти по всей Центральной Азии. Таким образом, в апт-альбское время имела место своего рода озерная трансгрессия. Одновременно в южных частях Монголии и Китая происходит некоторая аридизация климата, накапливаются красноцветные и пестроцветные осадочные толщи. Среди водных организмов появляются иммигранты из дальневосточных озер, постепенно вытесняя более ранних обитателей водоемов. В это время начинается развитие пресноводных и наземных животных, получивших широкое распространение в позднемеловую эпоху. Впервые в отложениях этого времени встречаются крупные ребристые раковины двустворчатых семейства тригониоидид, многочисленные остракоды, конхостраки и насекомые, разнообразные черепахи, чаще попадаются костные остатки громадных зауропод и игуанодонтов.
И вот наступает верхнемеловая эпоха, эпоха возникновения широких водных пространств в гобийской части Центральной Азии, пышного развития основного динозаврового комплекса и многочисленных видов беспозвоночных.
Если палеогеографическая обстановка в Центральной Азии в юрскую и нижнемеловую эпоху достаточно ясна, то реконструкция ландшафтов верхнемелового времени до сих пор вызывает много споров.
В настоящее время развитие Центральной Азии в позднемеловую эпоху представляется следующим. Все северные и северо-западные районы Монголии и Западного Забайкалья в конце раннемелового времени благодаря тектоническим движениям превращаются в горную страну. Одновременно происходит значительное понижение огромной площади на юге Монголии, куда с горных массивов начинают стекать многочисленные реки и речушки. На склонах размываемых предгорий скапливаются валунные и галечные толщи. В пониженных участках впадин образуются вначале отдельные небольшие озера, которые постепенно расширяются и превращаются в обширные водные бассейны, просуществовавшие на территории гобийской платформы многие десятки миллионов лет. Здесь в позднемеловую эпоху создались благоприятные условия для эволюции разнообразных динозавров, черепах, крокодилов, древних млекопитающих и многочисленных своеобразных водных беспозвоночных.
Для реконструкции всей палеогеографической и экологической обстановки мы пытались использовать также данные по африканскому оз. Чад.
Представим себе обширные водные пространства, покрывавшие крупные впадины гобийской низменности. Эти бассейны были сравнительно мелководными, изобиловавшими большим количеством песчаных баров и архипелагов островов. Они заполняли огромную Заалтайскую Гоби, заходили в Уланнурскую впадину Северной Гоби, огибая массив Гобийского Алтая между Ард-Богдо и Бага-Богдо. На юге водные бассейны были связаны с Гоби в пределах Китая, как в районе горы Цаган-Богд, так и на юге от Далан-Дзадагада, через так называемую Борзонгийн Гоби. На юго-востоке эти водоемы соединялись с обширными бассейнами Восточной Гоби, которые, в свою очередь, были тесно связаны с гобийскими районами Внешней Монголии. Здесь, конечно, не было единого внутреннего моря, но вся огромная территория древней Гоби представляла собой обширный озерный район с сообщающимися озерными впадинами. Местами, в более глубоких участках долин сохранялись открытые водные пространства, мелководные же площади при низком стоянии вод превращались временами в широкие заболоченные территории. Берега этих водоемов были сильно изрезаны. Существовали обширные лагуны и бухты, некоторые из них иногда отшнуровывались от открытой акватории и засолонялись. Об этом свидетельствуют горизонты гипсов, встреченные в осадочных толщах прибрежной части бассейнов, в частности у подножия хребта Унэгэту-Ула в Восточной Гоби.
Благодаря интенсивному водообмену, резкому колебанию уровня вод, подводным течениям, нагонно-сгонным явлениям складывалась сложная гидродинамическая обстановка. Метеорологические и гидродинамические процессы приводили к возникновению периодической «сутолоки» вод, размыву многочисленных баров и береговых отмелей, что отразилось на процессе седиментации.
На склонах озерных долин, на берегу бассейнов и на островах росли раскидистые подокарповые и кипарисовые деревья. Палеоботаник И. А. Шилкипа, изучившая остатки окаменелой древесины из Гоби, отметила, что водопроводящие каналы этих деревьев были очень широкими, свидетельствующими о наличии достаточной влаги в почве. Кроме того, было установлено отсутствие в древесных стволах резких годовых колец, что указывает на постоянство климата, без смены летне-зимнего сезона.
Можно предположить, что на побережье водоемов и на песчаных барах произрастали и травянистые и кустарниковые растения, которые, к сожалению, не сохранились в ископаемом состоянии.