На какой-то миг показалось, что план Филиппа может не сработать. Король удвоил усилия. По всему королевству звучали проповеди об ужасных грехах рыцарей Ордена, король направил 72 покаявшихся тамплиера к Папе Римскому, чтобы они лично засвидетельствовали всю бездну грехопадения Ордена. Король объявил Папе (находившемуся фактически под домашним арестом в Пуатье, на территории королевства), что если тот не выступит решительно против Ордена и в защиту церкви (Филипп явно примеривал на себя одежды своего деда, святого Людовика), то можно ведь поднять вопрос о том, отвечает ли нынешний Папа строгим требованиям его высокой должности. Уговоры были подкреплены действием. Судебный процесс против Ордена начался 11 апреля 1310 года. Пятьдесят четыре тамплиера, которые ранее отказались от своих признаний в грехах, 12 мая 1310 года были сожжены на костре как еретики, вновь впавшие в ересь. Что же до двоих тамплиеров-юристов, то они просто исчезли из королевской темницы. Де Молэ, раздавленный такой жестокостью, отказался от своего предыдущего отказа и подтвердил правдивость обвинений.
Уступив давлению со стороны короля Филиппа, и просто желая поскорее закончить всю эту затянувшуюся кровавую кашу, Папа Римский Климент в марте 1312 года издал эдикт, в котором приказал распустить Орден Бедных рыцарей Христа и Храма Соломона. Эдикт, однако, ничего не говорил о вине рыцарей Ордена. Кроме того, к большому негодованию французского монарха, следующий эдикт Папы передавал имущество тамплиеров Ордену госпитальеров. Наконец, папская булла
Через два года, 18 или 19 марта 1314 года, комиссия из трёх кардиналов католической церкви приговорила де Молэ и других высших руководителей Ордена тамплиеров к пожизненному заключению. Обвиняемые выслушали его, стоя на возвышении перед собором Парижской Богоматери. Все четверо были пожилыми людьми (Великому магистру было за 70, остальные были на шестом или седьмом десятке лет), сломленными длительным тяжёлым заключением. Услышав приговор, бывший Великий магистр, дважды опозоривший свой Орден, которому была посвящена вся его жизнь, наконец нашёл в себе смелость встать на его защиту. Он прекрасно сознавал, что делает это ценой своей жизни. Зная, что он вскоре предстанет перед Господом, он и его верный префект Нормандии Жоффруа де Шарней во всеуслышанье, к ужасу кардиналов, королевских чиновников и собравшейся толпы парижан, заявили, что Орден чист и невиновен ни в чём, а признания были вырваны жестокими пытками. Кардиналы были растеряны и не знали, что же делать дальше. Но Филипп не утратил решительности. По его приказу де Молэ и де Шарнея в тот же день сожгли на маленьком островке посреди Сены (рядом с островом Ситэ, на котором стоит собор, стены которого утром услышали слова де Молэ) как еретиков, снова впавших в заблуждение. Оба рыцаря встретили смерть мужественно и с достоинством. С наступлением темноты обугленные кости казнённых собрали монахи монастыря августинцев, для почитания их как мучеников, в которых отвага превратила их в один миг в глазах многих.
Поскольку папский запрет Ордена тамплиеров распространялся на всю католическую Европу, а владения Ордена находились во многих странах, другие монархи и владетели тоже наложили арест на собственность Ордена и организовали судебные разбирательства над его братьями. В королевстве Арагон (на востоке Испании, включая Каталонию и Балеарские острова) король Иаков ІІ 6 января 1308 года приказал арестовать всех тамплиеров, но для этого пришлось осаждать их замки. Рыцари Ордена не получили никакой поддержки извне, и в итоге сдались королевскому правосудию. На судебном процессе братья не сознались ни в каких преступлениях, и поскольку пытки к ним не применялись, никто не был осуждён к смерти как еретик.
Король Португалии Денис попытался в судебном порядке отобрать у Ордена земли, пожалованные тому его предшественниками, но судебный процесс не затрагивал вообще вопрос о ереси. Новосозданный под покровительством короля Дениса Орден Христа получил часть активов португальских тамплиеров, и часть бывших тамплиеров получила позволение вступить в новый орден.
Архиепископ Равеннский (на севере Италии, во владениях, напрямую подчинённых Папе Римскому) запретил пытать обвиняемых тамплиеров, и неудивительно, что тоже не было получено никаких признаний в ереси, богохульстве, идолопоклонничестве и прочих ужасных грехах. В Ломбардии Орден получил серьёзную поддержку, и половина арестованных рыцарей утверждала, что все, кто обвинил Орден во всех смертных грехах, просто лжецы. Во Флоренции к тамплиерам были применены пытки в ходе допросов, но и в этом случае лишь шесть из тринадцати тамплиеров сознались в каких-либо проступках.