На Кипре как братья Ордена, так и их ближайшее окружение, дали показания суду, которые заключались в утверждении, что на тамплиерах нет никакой вины. Король Амори, получивший трон благодаря Ордену, не спешил его преследовать. Однако вскоре он был убит, престол вернулся к врагу тамплиеров Генриху ІІ, после чего немедленно начались пытки тамплиеров, многие из которых погибли при допросах, продолжая заявлять о своей невиновности.
Достаточно серьёзным был процесс против Ордена тамплиеров в Англии. В конце концов, король Эдуард ІІ был зятем французского короля, затеявшего эту вендетту против Ордена. Король Филипп послал письма соседним монархам с рекомендацией последовать его примеру, и когда рекомендация французского короля была поддержана письмом от Папы Римского, Эдуард отбросил колебания. 9 января 1308 года был арестован глава английских тамплиеров, а вскоре и все братья Ордена на территории Англии были арестованы. Пока к ним не применялись пытки, они отпирались, но как только за дело взялись папские инквизиторы, появились и признания. Но в отличие от Франции, никто не пошёл на костёр. Признавшимся всего лишь пришлось принести публичное покаяние. Тем же, кто продолжал утверждать, что невиновен, досталось пожизненное заключение.
Но стояла ли за обвинениями против Ордена хоть капля правды? В 2001 году тамплиеры внезапно оказались в фокусе внимания средств массовой информации. В архивах Ватикана был обнаружен так называемый «шинонский пергамент», протокол встречи посланцев Папы Римского, кардиналов католической церкви, с Жаком де Молэ в августе 1308 года, когда он находился в заключении в Шато де Шинон, в Шинонском замке. Этот документ подтвердил, что брат Жак де Молэ действительно был принуждён к признанию своей вины под пытками. Тем не менее, он добровольно признался кардиналам в некоторых ересях, включая отрицание Христа как Спасителя. Кардиналы выслушали его исповедь и отпустили ему его грехи. Документ пролежал почти семьсот лет в архивах папской канцелярии. Хотя во многих средствах массовой информации его называли доказательством невиновности тамплиеров, похоже, в реальности дело обстояло сложнее.
Стоит напомнить, что обвинения в отрицании Христа, содомии и идолопоклонстве были на тот момент стандартными обвинениями, выдвигавшимися в отношении еретиков в течение столетий. Незадолго до дела тамплиеров подобные же обвинения выдвигались против катаров-альбигойцев и вальденсов. Отсюда следовало, что выдвижение обвинений в таких преступлениях тем самым приводило к обвинению в ереси, и нередко использовалось как оружие в политической борьбе. В середине ХІІ века Папа Римский выдвигал такие обвинения против императора Священной Римской империи, позже тот же король Филипп ІV обвинял в том же предшественника Климента Папу Римского Бонифация, а также ряд других церковных сановников.
Обвинение в идолопоклонстве звучало так: «они окружали, либо касались головы этих идолов тонкими нитями, которые потом носили на теле или на рубахах». Девять тамплиеров из парижской прецептории сознались в этом идолопоклонничестве. Однако показания о том, что же за идолов (якобы именуемых «Бафометом», в чём иногда видят искажённое «Магомет») почитали тамплиеры, радикально отличались. В одной из версий, идол был покрыт старой кожей, с драгоценными камнями вместо глаз. В другой был сделан из серебра, либо из золота. Обвиняемые утверждали, что у идола было то ли три, то ли четыре ноги, в одних показаниях голова идола была украшена рогами. Такие расхождения наводят на мысль, что под пытками братья старались придумать что-то, что бы понравилось следователям и избавило их от мучений хотя бы на время.
Тем не менее возможно также, что слухи о почитании «головы идола» имели в основе поклонение мощам христианских святых. Точно известно, что в храмах Ордена имелось несколько голов святых, например, святой Евфимии Халкедонской, которые были обычными объектами сакрального поклонения.
Что до обвинений в содомии, то лишь трое рыцарей на следствии в Париже сознались в этом грехе – такое обвинение было популярно в качестве политического оружия, и его было очень трудно опровергнуть, и тем не менее несмотря на пытки, большинство допрашиваемых, в том числе сам Великий магистр (сознавшийся, напомним, в отрицании Христа), стойко отрицали его. Грех этот считался слишком позорным, и Великий магистр напоминал, что устав Ордена строжайше запрещал подобное поведение под угрозой сурового наказания и изгнания из рядов Ордена. Но именно позорность греха могла помочь виновным в нём отрицать свою вину даже под пыткой.
Надо сказать, что многие рыцари созналось в нарушении обета целомудрия, тем самым подтвердив широко распространённые подозрения в распущенности нравов монахов-рыцарей. Надо отметить, что в рыцарской традиции того времени за тамплиерами закрепилась репутация если не героев-любовников, то во всяком случае друзей романтически увлечённых героев.