К 6 часам вечера 8 июня французы повсеместно были отброшены за Треббию. Противники оказались практически в том же положении, что и утром. Казалось, что исход боя не определен. Суворов по-прежнему был настроен на решительную победу. Он предполагал утром следующего дня начать новое наступление. Союзники за три дня сражений потеряли около 5 тыс. человек, французы — около 18 тыс. убитыми, ранеными и пленными. Состояние их войск было весьма плачевным. У артиллерии не было снарядов, около половины личного состава выбыло из строя, сильно ослаб боевой дух людей. В результате анализа на военном совете, проходившем 9 (20) июня было решено не продолжать сражения, а начать отступление. В ту же ночь Неаполитанская армия Макдональда снялась с позиции и начала поход к реке Нура. Когда об этом узнал Суворов, он приказал организовать преследование неприятеля. В своем приказе он требовал: «При переправе через реку Треббию сильно бить, гнать и истреблять холодным оружием; но покоряющимся давать pardon подтверждается…» (т. е. щадить).
Преследование проходило двумя колоннами: одна — Меласа по дороге на Пьяченцу, другая — Розенберга на Сен-Джорджио. Дойдя до Пьяченцы, Мелас остановил армию на отдых, отправив в преследование лишь дивизию Отта. Последний дошел до реки Нура, также остановился, послав вдогонку французам легкую кавалерию. Преследование проводили только русские войска, в которых находился сам Суворов. У Сен-Джорджио они догнали полубригаду дивизии Виктора и разгромили ее, захватив четыре орудия, более тысячи пленных и весь обоз. Затем союзные войска вышли к реке Арда, где расположились на отдых.
Оставался не выполненным один пункт стратегического плана Суворова — разгром французской Итальянской армии под командованием Моро. 9 июня у Сен-Джулиано она атаковала отряд Бельгарда и заставила его отступить. Об этом Суворов узнал 11 июня. На следующий день союзные войска выступили навстречу наступавшей армии Моро. Они двигались только ночью, поскольку стояла сильная жара. К утру 15 июня суворовская армия подошла к Сен-Джулиано. Моро, узнав о разгроме армии Макдональда и приближении Суворова, стал отступать на юг к Генуе. На этом закончилась знаменитая операция итальянского похода Суворова, именуемая сражением на реке Треббия.
Бой при Нови
После победы над армией Макдональда на реке Треббия почти вся Северная Италия стала свободной, исключая Генуэзскую Ривьеру. Суворов считал, что необходимо продолжить преследование неприятеля, не давая ему передышки. Его план дальнейших действий предусматривал наступление двумя группами: одна — от Алессандрии на юг, на Геную с целью привлечения на это направление главных сил противника; другая (главные силы союзников) — западнее первой через Кони, Тендский проход в общем направлении на Ниццу, имея задачей окружение и уничтожение Итальянской армии французов. Затем военные действия должны быть перенесены на территорию Франции, где нужно было довершить разгром противника.
Хотя формально Суворов как главнокомандующий объединенной союзной армией обладал широкими полномочиями, на деле они были очень ограничены. Австрийский военный совет (гофкригсрат) постоянно вмешивался в управление войсками. Получив сведения о победе на Треббии, гофкригсрат в официальном письме к Суворову потребовал не предпринимать никаких наступательных действий, пока не будут взяты крепость Мантуя и цитадели Тортона и Алессандрии. Кроме того, не ставя в известность Суворова, гофкригсрат отдал своим генералам приказ об осаде крепостей. Поэтому до конца июля союзная армия пребывала под Алессандрией.
Такое положение, естественно, не могло нравиться Суворову. 25 июня (6 июля) он обратился к императору Павлу I, в котором жаловался на «двуличных начальников», имея в виду, очевидно, австрийских генералов, гофкригсрат, руководящий войсками из Вены, и свое безвластие. «Эти обстоятельства принуждают меня вашего императорского Величества всеподданейше просить об отзыве моем, ежели сие не переменится», — писал Суворов.
Павел I не стал отзывать Суворова из Италии, а направил Францу I просьбу ограничить вмешательство гофкригсрата в руководство союзными армиями, предоставив это Суворову.
11 (22) июля пала Алессандрийская цитадель, 17 июля сдалась крепость Мантуя. В результате освободились войска, которые занимались осадой этих крепостей. Суворов решает использовать эти силы для реализации очередного этапа своего стратегического плана: освобождения Ривьеры. О своем намерении он не сообщил сразу в Вену. Фельдмаршал полагал, что, пока курьер с донесением доедет до Вены, пока подготовят ответ и привезут ему, пройдет две-три недели, за которые армия сумеет выполнить его план.