В июне 1919 года Собецкий стал во главе отряда судов Азовской флотилии, а с января 1920 года возглавил оборону Днепро-Бугского лимана. По мере того как менялась обстановка на фронте, Собецкого направляли то командовать отрядом Каркинитского залива, то 3-м отрядом судов Черноморского флота. Одним из помощников Собецкого был старший лейтенант Александр Михайлович Шестаков, в чьи обязанности входило формирование отрядов бронепоездов, танков и бронеавтомобилей, из числа тех, что ускоренными темпами производились для нужд Донской армии на соответствующих заводах в Ростове-на-Дону и Таганроге. В мае 1919 года бывшая Азовская флотилия была переименована в Днепровскую и перешла на Днепр, где в то время формировались новые флотилии — Верхне-, Средне- и Нижне-Днепровская, командовали которыми капитаны 1-го ранга Сергей Владимирович Лукомский, Григорий Иванович Бутаков и сам Собецкий.
Необходимость в последующей переброске Собецкого на Черное море объяснялась несравнимо более тяжелыми условиями борьбы с большевиками, так как любая инициатива национальных сил по установлению стабильной власти в регионе встречалась в штыки не только германским оккупационным командованием, но часто саботировалась силами держав Антанты, также не стремившихся к политическому равновесию в регионе. Обе противоборствующие стороны устраивала дестабилизация на черноморском побережье России, порой казалось, что, на первый взгляд, дружественные англо-французские представители стараются как можно сильнее расшатать гражданское спокойствие на Юге России, иногда даже путем тайного взаимодействия с законспирированными большевистскими агентами. Их разрушительная работа существенно подрывала тылы Вооруженных сил Юга России, расходовала людские и материальные ресурсы и, в конечном счете, неоднократно ставила под угрозу безопасность белого тыла.
Не добавили спокойствия русским Добровольческим силам и сепаратные переговоры украинской Рады с германским командованием. Немедленно после заключения между ними договора германские войска стали занимать украинские территории, быстро добрались до полуострова Крым, и 4 мая 1918 года на русских судах, стоявших на рейде в Севастопольской бухте, поднялись германские флаги. Вся 2-я бригада линейных кораблей под командованием вице-адмирала Андрея Георгиевича Покровского, несколько подводных лодок и быстроходных катеров, при попустительстве «независимых» украинских политиков, оказались во власти немцев. Сам Покровский, бывший начальником обороны северо-западной части Черного моря, ненадолго поступил на службу в «гетманский флот». Видимо, испытывая чувство неловкости за эту минутную слабость, Андрей Георгиевич все же нашел в себе силы вернуться на службу во ВСЮР, где потом разрабатывал план десантной операции по захвату Петрограда со стороны Финского залива вместе с рядом морских офицеров бывшего Балтийского флота.
Вскоре Покровского арестовали большевики, но ему чудом удалось бежать из-под ареста, скрывшись на территории Болгарии, откуда начались его дальние странствия по государствам Западной Европы, приведшие его в конце концов в Египет, где адмирал с семьей и прожил остаток своей жизни в Каире. Оттуда он порой направлял статьи по теории боевых действий на море в редакцию парижского «Морского журнала». Желание Покровского весной 1918 года быть вне жесткого политического конфликта между Германией, большевиками и руководством императорского Черноморского флота заставило его сделать свой выбор в пользу службы гетману Скоропадскому.
Переход адмирала в «нейтральное» положение не утихомирил закипающие страсти. Прибывший в Новороссийск большевистский представитель Морского комиссариата Федор Раскольников был настроен решительно: русский флот в акватории Черного моря — собственность красных, и в случае, если германцы будут настаивать на передаче им судов, большевики не остановятся перед затоплением флота. Противодействовать Раскольникову было некому. Адмирал Покровский «умыл руки». Старшие офицеры флота негодовали. Сама мысль о передаче флота германцам, равно как и о его потоплении, казалась им верхом кощунства. Однако Раскольников, связанный обязательствами перед «центральной» властью, если и не горел желанием отдавать флот противнику, то отказаться от плана уничтожения кораблей не желал. Зная настроения в среде морских офицеров, он опасался усиления Белого движения на море. Кроме того, ему был хорошо памятен увод адмиралом Щастным флота из-под носа у германцев в Кронштадт в марте того же года. Та блистательная операция напугала правительство Ленина — Троцкого до такой степени, что смелый и решительный адмирал был расстрелян. Расстрелян, видимо, за то, что сохранил России ее корабли.