А в Новороссийске тем временем продолжалась работа по формированию кадров Белого флота. Попытки создать какие-либо морские силы, непосредственно подчиненные Добровольческой армии, были предприняты еще при занятии Ейска кубанскими казаками генерала Виктора Леонидовича Покровского 25 июля 1918 года. В порту ими был обнаружен неисправный крейсер, принадлежащий некогда пограничной страже под названием «Ястреб», а также несколько катеров и малых буксиров. Капитан 2-го ранга Григорий Федотович Дудкин был назначен командиром этого порта. Григорий Федотович хорошо знал Черноморские порты, будучи еще до октябрьского переворота постоянным членом Комиссии по наблюдению за постройкой кораблей в Черном море по подводной части. Он лично инспектировал ход работ по постройке новых подводных лодок на верфи в Николаеве. Морской штаб при Добровольческой армии немедленно подготовил распоряжение откомандировать в помощь к Дудкину в Ейск несколько морских офицеров. Позже последовало новое назначение. Начальником охраны побережья Азовского моря от Ростова на юг был определен капитан 1-го ранга Николай Николаевич Дмитриев. 2 августа 1918 года два буксира, укомплектованные морскими офицерами, вышли из Ейска, попутно высадив в Приморско-Ахтарской десант казаков. Кубанцы освободили от большевиков все морское побережье, вплоть до Таманского полуострова, где в то время хозяйничали германцы.
Выход Добровольческой армии к морю не принес каких-либо положительных результатов, ибо все уцелевшие после потопления флота в Новороссийске корабли и коммерческие пароходы все равно находились у германцев. В Новороссийском порту остались лишь несколько малых судов, для выхода которых в море Добровольческому морскому штабу требовалось разрешение германского командования, с которым Главнокомандующий А. И. Деникин отказался иметь какие-либо сношения. И все же, несмотря на это, в Новороссийске было образовано Управление Военного порта, и туда стали прибывать морские офицеры, гардемарины и кадеты Морского корпуса. Командиром порта стал капитан 2-го ранга Владимир Николаевич Потемкин. Главной задачей командира порта стало оборудование морскими орудиями бронепоездов и подбор для них соответствующих морских команд. По его собственной инициативе сам Потемкин был впоследствии назначен командиром бронепоезда «Князь Пожарский», а на его место уже в январе 1919 года пришел контр-адмирал Александр Михайлович Клыков, после командовавший портом в Евпатории, а затем ставший начальником 3-го отряда судов Черноморского флота. При ставке Главнокомандующего в Екатеринодаре было организовано морское управление, временным начальником которого был поставлен капитан 1-го ранга Виктор Иванович Лебедев, а с декабря его заменил более опытный штабист вице-адмирал Александр Михайлович Герасимов, вышедший на эту должность из отставки, полученной в 1917 году. Помощником у него стал Лебедев.
В Новороссийске группа офицеров-энтузиастов под руководством старшего лейтенанта Анатолия Петровича Ваксмута, бывшего командира парохода «Кубанец» Донской флотилии, получила предписание от вице-адмирала Александра Михайловича Герасимова. Предписание гласило: команде доверенных офицеров отправиться в Севастополь и под любым предлогом получить в распоряжение ВСЮР полноценный боевой корабль. Причины для этого шага были весьма существенные. Безуспешная попытка получить военное судно при посредстве самого Деникина, направлявшего некогда письмо адмиралу Василию Александровичу Канину, лишь придала задора упорному в достижении цели Ваксмуту. В Симферополе образовалось марионеточное крымское правительство, не признававшее генерала А. И. Деникина и претендовавшее на принадлежность ему всего, что находилось в Севастополе. Вице-адмирал Канин, которого Главнокомандующий генерал А. И. Деникин недавно назначил командующим Белым флотом, держался совершенно независимо от Екатеринодара и даже сформировал весьма многочисленный штаб. Под предлогом, что крымское правительство противится переводу кораблей в Новороссийск, а также забастовки рабочих на судоремонтном заводе, он не принимал никаких мер для восстановления кораблей. Союзники захватили все транспорты из бывших австрийских и немецких пароходов, но остальные, так же, как пароходы контролируемых правительством обществ, были в распоряжении Добровольческой армии. Однако частные судовладельцы, чтобы избежать всяких реквизиций и большевистской национализации, стремились вывести свои пароходы за проливы. Во избежание этого было опубликовано запрещение для пароходов покидать Черное море без разрешения. Французы иногда более или менее принудительно фрахтовали пароходы для своих нужд; некоторые большие пассажирские пароходы РОПиТ до конца Гражданской войны находились в их распоряжении и, в частности, были ими использованы для репатриации русских солдат и военнопленных из Франции. Но фрахтование пароходов и военных транспортов приносило Добровольческой армии валюту, которой она расплачивалась за покупки за границей самого необходимого.