Деятельный и энергичный игумен Иосиф, прозванный впоследствии Строителем, с помощниками проигуменом Феодосием, эпитропами (экономами) Серафимом и Памфилием были неутомимы и предприимчивы: пожертвования не иссякали, в работниках тоже недостатка не было. В атмосфере всеобщего подъема и энтузиазма к концу октября 1837 года в основном завершилось строительство церкви — самого большого на болгарских землях православного храма: 35 метров в длину, 27 в ширину, 28 в высоту и общей площадью около тысячи квадратных метров. В следующем году церковь торжественно освятили, и уже потом полы покрыли мраморными плитками, а купола листовым свинцом и оловом. В 1842 году установили иконостас, исполненный самоковскими резчиками; продолжались и другие работы, закончившиеся к 1860 году. Рядом с башней Хрельо выросла звонница с монастырской лавкой внизу, законченная постройкой в 1844 году; зодчий устабашия Миленко из села Блатешница около Радомира в 1847 году возвел южное крыло, замкнув тем самым четырехугольник монастырских корпусов.
Композиционным и смысловым центром стала главная церковь, словно вобравшая в себя все архитектурные и цветовые решения, мотивы, формы монастырского ансамбля. Первое впечатление, которое уже не покидает зрителя, — это смелый и раскованный взлет творческой мысли, чувства и воображения, великолепный праздник и веселье души, это песня, пропетая болгарином в ночи рабства и унижения. Полосы белого камня перемежаются то темно-серым камнем, то лентами красного кирпича; по белой штукатурке черный орнамент, темно-красная черепица, желтое на барабанах, белые аркады, темное дерево карнизов — как это все живописно! Обычная в плане трехнефная крестовокупольная церковь соединила в себе строгую целостность стиля и разнообразие отдельных форм, устойчивость, основательность и бесконечное движение объемов, линий, цвета, впечатляющую монументальность и сомасштабность человеку, душевную теплоту, простосердечие, даже несколько наивное влечение к свободной от рассудочной правильности пластике, изменчивой игре светотени, ярким и нарядным краскам. Открытые нартексы с куполами, арками и колоннами, характерные для болгарского жилого дома той поры, волноообразные «коромысла» карнизов на главном фасаде и в иконостасе, приделы, апсиды, своды обусловлены строгой логикой зодчего, но эта соподчиненность не навязана, а как бы сокрыта в живом и непосредственном архитектурном образе.
Столь же внушителен и жизнерадостен интерьер церкви, поражающий размахом и цельностью внутреннего пространства, организованного рядами стройных колонн и огромными куполами, ярким многоцветьем иконостаса и стенописей. И акустика здесь великолепна: каждый звук, усиленный вмурованными в центральный купол глиняными кувшинами, доносится до любого места.
Шедевром стародавнего искусства резьбы по дереву стал иконостас рильской церкви, законченный в 1844 году и позолоченный в 1858-м. В создании этого грандиозного сооружения, выдержанного в духе «болгарского барокко» и включающего тридцать шесть фигурных композиций и несчетное множество орнаментальных и декоративных мотивов, а также малых иконостасов в приделах, киотов, архиерейских тронов и амвонов, участвовали мастера самоковской и деборско-разложской школ. В их числе Петр Филипович из села Гари и прозванный Петром Гарка, его земляк Димитр Станишев, возглавивший все работы устабашия Атанас Телодур из Самокова, его подмастерья и ученики Стойчо Фандыков, Петр и Георгий Дащины. В границах дозволенного канонической иконографией резчики чувствовали себя довольно свободно, а их мироощущение, жизненный опыт и острая художническая наблюдательность сплошь и рядом насыщали повествование об Адаме и Еве, другие библейские и евангельские сцены сразу же узнаваемыми болгарскими реалиями. Вот крестьянка с корзиной собирает виноград, вот двое несут на жерди тяжелые грозди, кто-то стреляет из пушки, кто-то замахнулся ятаганом, а листья аканфа поставлены в характерно болгарские кувшины с носиком и ручкой… На царских вратах распростер могучие крылья двуглавый орел с державой и скипетром — символ России и царьградской патриархии; добро изнемогает в борьбе со злом, болгарский лев — в борьбе со змием, но на помощь ему устремился аист, бьющий длинным клювом по голове змия. В другом месте большая птица кормит птенцов — это аллегория России и славянских народов; яростная схватка двух людей и птица, поражающая одного из них: болгарин, осман и — Россия. Так прочитывали эти символы и современники Захария Зографа, и он сам.
Когда Захарий прибыл в Рильский монастырь — точно неизвестно; по-видимому, летом, но не позже осени 1841 года. Зимой там живописные работы прекращались, зографы возвращались домой — кто в Самоков, кто в Банско, а между тем есть достоверное свидетельство, что уже 20 марта 1842 года монастырский эпитроп уплатил Захарию за сделанную и, вероятнее всего, за будущую работу 7508 грошей; последующие этапы пребывания художника в монастыре документированы им самим.