Аднак прагненьні Жыгімонта Вазы так і засталіся б прагненьнямі, калі б яго ідэі былі толькі ягонымі ідэямі. На самой справе кароль Рэчы Паспалітай ня быў аўтарам сваёй палітыкі. Сапраўднымі аўтарамі, а таксама выканаўцамі палітыкі Контррэфармацыі ў Рэчы Паспалітай былі езуіты. Іх нястомная, прадуманая праца дала каталіцкай царкве ў Вялікім Княстве шмат новых вернікаў. Вось як апісвае іх дзейнасьць Ю. Лукашэвіч, аўтар грунтоўнай працы «Дзеі кальвінскіх цэркваў у Літве»: «Езуіты выступалі з амбонаў супраць Лютара, Кальвіна, Цвінглі, Арыя і іх пасьлядоўнікаў, выклікалі дысыдэнтаў (так называлі тады католікі эвангельскіх хрысьціянаў) на дыспуты, прамаўлялі да народу на рынках, імкнуліся здабыць магнатаў для каталіцкай царквы, не прапускалі ніводнага спосабу, каб аслабіць або зганьбіць іншаверцаў, нацкоўвалі на іх натоўп і руйнавалі ім зборы, не аглядаючыся на літоўскі Статут, які зьнішчэньне сьвятыняў усялякіх хрысьціянскіх вызнаньняў строга караў... У Вільні друкар Даніэль зь Ленчыцы, кальвін, не пераставаў выдаваць творы свайго вызнаньня. Каб гэтаму перашкодзіць, езуіты намовілі слугу ягонага, каб той скраў шрыфты, і калі ён зрабіў гэта, езуіты злачынцу ў сваім калегіюме хавалі і выдаць пацярпеламу не хацелі... Не было ў Літве закутка, дзе б яны ня мелі сваіх місыяў, асабліва пашыраючы сваё апостальства на Жамойць, Белую Русь і Наваградак. Па маёнтках, касьцёлах, пад час фэстаў, кірмашоў, пахаваньняў, усюды і заўсёды соваліся езуіты, робячы прыхільнікаў каталіцкай царкве і трапляючы праз вочы да сэрца народу, арганізоўваючы сцэнічныя відовішчы, кананізацыі сьвятых і г.д. Усё гэта было прадумана, каб падабалася натоўпу, а таксама каб прынізіць дысыдэнтаў, абрады і служыцеляў якіх не забывалі езуіты высьмейваць і ганьбіць разнастайнымі спосабамі, у сваіх палемічных творах, супраць тых скіраваных, заўсёды пераходзячы на асобы. Пра найцнатлівейшых, найадукаванейшых спаміж дысыдэнтаў пускалі ў такі спосаб розныя плёткі. Так, напрыклад, Волана, які паўстрыманасьцю сваёй жыцьцё аж да 90 гадоў працягнуў, назвалі п'яніцам; пра Судровія, які ў ведах быў роўны найадукаванейшым езуітам, прыдумалі байку, што да сталага веку быў катам у Львове, што срэбны талер украў і г.д. Пастановы дысыдэнцкіх сынодаў высьмейвалі, што на іх гаворка ідзе пра авёс, дровы, куры і іншае патрэбнае для міністраў, як быццам духавенства каталіцкага вызнаньня на сваіх сходах ніколі не гаворыць пра дзесяціны і грошы. Па праўдзе, дысыдэнты адкідвалі гэтыя недарэчныя закіды, але езуіты, тысячу разоў паваленыя, тысячу разоў тое самае паўтаралі і, нарэшце, пераканалі ў гэтым народ, які пачаў пагарджаць дысыдэнцкім духавенствам, шануючы іх менш, чым п'яніцаў і жабракоў. Да таго ж езуіты ўсялякімі спосабамі прыцягвалі ў сваю Акадэмію сыноў дысыдэнтаў, і спаміж сваіх 700 вучняў мелі іх нямала, працуючы больш над іх перацягваньнем у каталіцкую царкву, чым над паглыбленьнем іх ведаў ці выхаваньнем іх справядлівымі людзьмі і добрымі грамадзянамі».
У 1589 годзе кароль Генрык IV выгнаў з Францыі езуітаў «як дэмаралізатараў моладзі, разбуральнікаў грамадзкага парадку, ворагаў караля і дзяржавы». У Рэчы Паспалітай у гэты самы час езуіты былі падтрымліваныя ўсёй моцай каралеўскага аўтарытэту. Кароль спрыяў езуітам, як толькі мог, і было відавочна, што дасягнуць у дзяржаве нейкіх высокіх пасадаў можна было толькі па іх пратэкцыі. Душы людзей тады пачалі дзіўна зьмяняцца, і то ў спосаб, адпавядаючы жаданьням асобы, якая мела права даваць староствы, ваяводзтвы, месцы ў сэнаце. Магнаты, шляхта, частка месьцічаў адзін за другім пачалі здраджваць Рэфармацыі і далучацца да каталіцкай царквы, ці то прагнучы атрымаць пасаду, ці баючыся перасьледваньняў. Назіраючы ўсе гэта, ангельскі пасол Томас Ро з горыччу адзначаў, што як сьведчыць прыклад Рэчы Паспалітай «фанабэрыя і хцівасьць шмат могуць у сьвеце».
Бачачы такія посьпехі каталіцкай царквы ў змаганьні з Рэфармацыяй, а з другога боку, ня могучы самі даць рады з эвангельскімі хрысьціянамі, якія «не по одной, але велікімі громадамі стадо Хрыстово урываючы да своее сборы плюгавое загоняють», некаторыя герархі праваслаўнай царквы ў Беларусі і Ўкраіне зьвярнуліся да папы рымскага з просьбаю аб заключэньні вуніі паміж праваслаўнай і каталіцкай цэрквамі ў Рэчы Паспалітай. Прычыны такога кроку вельмі ясна выкладзеныя ў праграмным дакуманце вуніі - Грамаце ад 2 сьнежня 1594 году: «А найболее таму, што ў цяперашнія няшчасныя часы сярод людзей памножылася нямала размаітых ерасяў. Шмат хто, адступаючы ад хрысьціянскай праваслаўнай веры, бяжыць ад нашага закону і Божай царквы, выракаецца сапраўднае хвалы Бога, адзінага ў Тройцы». Папа рымскі Клімент VIII з радасьцю ўспрыняў выступленьне праваслаўнай царквы Вялікага Княства супраць супольнага ворага - рэфармацыйнага руху, і ў 1596 годзе ў Берасьці была заключаная вунія між праваслаўнай і каталіцкай цэрквамі.