Деятельность Книпера как фактора в отсутствие официального дипломатического представительства была очень разнообразной, но самым важным направлением был сбор разведывательной информации обо всем, что происходило в России, тем более что жизнь в Московском государстве в последние два десятилетия XVII века была чрезвычайно насыщена событиями. С особым вниманием в шведских канцеляриях изучали сообщения о деятельности молодого и энергичного царя Петра, справедливо полагая, что в недалеком будущем, несмотря на подтверждавшиеся из раза в раз мирные договоры, Россия захочет вернуть потерянные территории и выход в Балтийское море. Что касается самого Книпера, то, судя по всему, русский царь вызывал у него явную симпатию, и, вероятно, на определенном этапе эта симпатия была взаимной. Петр Алексеевич довольно регулярно посещал его дом, с интересом расспрашивал о шведских порядках, об устройстве армии и флота и т.д. Хорошие отношения между ними распространились и на старших сыновей шведского фактора: Питер и Томас были включены в состав Великого посольства, которое в 1697—1698 годах совершило путешествие за границу.
К 1699 году Книпер стал одним из самых авторитетных членов иностранного дипломатического корпуса в русской столице. Его успешная деятельность была по достоинству оценена в Стокгольме — он получил дворянский титул и фамилию Книперкрона, а статус повысился до уровня полномочного комиссара и резидента. Функции его остались практически те же, но ответственность возросла, тем более что русско-шведские отношения стали к этому времени довольно напряженными. Русские власти до последнего момента пытались держать в тайне все переговоры с послами Саксонии и Дании, сам факт и содержание подписанных соглашений о совместной борьбе с Карлом XII. Появившиеся слухи, неясные отголоски и упоминания в европейской прессе и, наконец, начавшаяся осада Риги могли бы помочь шведскому резиденту сложить все детали в единое целое и по меньшей мере задуматься о позиции России. Поразительно, и это было отмечено многими, что Книперкрона проявил странное равнодушие и предпочел остаться в заблуждении, слепо доверяя уверениям царя и руководителя Посольского приказа, своего знакомого ближнего боярина Федора Алексеевича Головина в том, что Россия не готовит никакого злоумышления против «своего брата и друга» Карла. В оправдание шведского резидента можно отметить, что и другие шведы, бывшие в это время в России, в том числе члены полномочного посольства под руководством барона Ю. Бергенгиельма, вернувшиеся в Стокгольм в феврале 1700 года, не отметили в своем отчете никаких подозрительных приготовлений.
Тем временем в Москве полным ходом шли приготовления к войне со Швецией; уже было определено место первого удара — Нарва, которую Россия потеряла в ходе Ливонской войны Ивана IV. Выбор этого города объясняется его стратегическим положением: овладев им, можно успешно продвигаться вдоль Финского залива и взять под контроль всю Ингрию. То, что Август II «застрял» в Риге, и то, что войска Карла XII направлялись именно туда, тем самым ослабляя другие районы, лишь укрепило Петра в правильности выбора места для начала вторжения. В начале марта 1700 года начались сбор и переброска воинских сил. Петр отправил в Нарву инженера и сержанта Преображенского полка Василия Корчмина для того, чтобы тот под видом закупки пушек[9]
провел тщательную рекогносцировку городских укреплений.