В 1842 году Борис Семенович был избран экстраординарным, а в 1847 году — ординарным действительным членом Академии наук. В 1864 году получил потомственное дворянство.
Научные заслуги Б. С. Якоби были отмечены и за рубежом. Так, в 1867 году он был избран иностранным членом Королевской Бельгийской Академии наук и корреспондентом Общества наук в Роттердаме. Был он также почетным членом Политехнического общества в Лейпциге, Британского общества для поощрения полезных искусств, Королевской Туринской академии и многих других научных учреждений.