Филон отличает Логос от Бога, делает его ипостасью, определяет даже как перворожденного Сына несотворенного Отца, "второго Бога". Иногда он даже говорит о нем как о действующей причине, в других местах как об Архангеле, посреднике между Творцом и творением (поскольку это существо не есть несотворенное, каков Бог, но и не тварное, каково мирское), то как о посланнике Бога, хранителе мира и покоя. Логос Филона выражает, кроме прочего — и это важно — фундаментальные ценности библейской мудрости, Слова Божьего, творящего и созидающего. Наконец, Логос несет в себе этический смысл Слова, с помощью которого Бог направляет сущее к благу и спасает. Во всех этих значениях Логос представляет бестелесную реальность, сверхчувственную и трансцендентную. Тем не менее, коль скоро чувственный мир создан по образу интеллигибельного, т. е. в соответствии с Логосом и посредством его, то имманентный аспект состоит в воздействии бестелесного на телесный мир. В этом смысле Логос — нечто связующее, что собирает и единит мир, начало, упорядочивающее мир и его сохраняющее.
Поскольку Бог бесконечен, то бесчисленны также проявления его активности, которые Филон называет "Потенциями", упоминая, впрочем, только о двух основных, подчиняя им все прочие: творческая сила, коей Создатель творит мир, и потенция правящая, при помощи которой Он управляет созданным им миром. Эти два аспекта Божественного древняя еврейская традиция обозначала двумя именами — Елохима и Иеговы. Первый знаменовал силу добра, блага и созидания, второй — законодательную и карающую силу.
Отношения между Логосом и двумя высшими потенциями разрабатывались Филоном по-разному: в одних текстах Логос выступает источником рождения всех потенций, в других ему приписана функция объединения их.
В антропологии Филон частично следует Платону, выделяя в человеке тело и душу. Затем, мало- помалу, вызревает более рафинированная концепция, открывающая в человеке третье измерение, радикально меняющее природу и смысл первых двух. Согласно этому взгляду, где уже доминирует библейская составляющая, человек образован из тела, души-интеллекта и Духа, что нисходит от Бога. В этой новой перспективе человеческий интеллект подвержен разрушениям в качестве земного, покуда Бог не вдохнет в него "потенцию подлинной жизни", т.е. Божественный Дух, или пневму.
Ясно, что душа человеческая (как и интеллект), сама по себе ничтожна, когда бы не вдохнул в нее Бог пневму, свой Дух. Момент, реализующий сцепление человека с Божественным, согласно Филону, уже не душа, как полагали греки, и не ее привилегированная часть, интеллект, а исходящий от Бога Дух. Так мы получаем три измерения человеческой жизни: 1) в физическом измерении — чисто животная жизнь тела; 2) в рациональном пространстве живет душа- интеллект; 3) в высшем божественном измерении душа восходит к Духу. Сама по себе душа смертна, но она может стать бессмертной в той мере, в какой Бог дарует ей свой Дух, насколько она себя в Духе взращивает и живет в нем. Так рушатся все доводы Платона, на которых он пытался основать бессмертие души. Душа сама по себе беспомощна, смертна, но может стать бессмертной в той мере, в какой она способна жить по Духу.
Именно это третье измерение — Божий Дух — интерпретирует теорию Творения как библейскую теорию вообще, что является этической новацией Филона. Мораль становится неотделимой от веры и религии, сливаясь даже в мистическом единении с Богом в некоем экстатическом видении. На этом пути, более того, Филон предвосхищает так называемые итинерарии — пути к Богу — которые у Отцов Церкви, начиная с Августина, становятся каноническими. От познания космоса мы должны перейти к познанию нас самих; существенно же то, что в момент трансцендирования, выхода за пределы самих себя, уже познав самих себя, мы приходим к осознанию, что то, чем мы обладаем — не наше — и возвращаем это Тому, кем мы одарены. В этот самый момент, в точном смысле слова, Бог с нами и в нас. Наивернейший момент для встречи тварного со своим Творцом именно в признании своего полного ничтожества. Необычайно высокая слава души в том, чтобы преодолеть тварность, свои пределы, связав себя только с нетварным, согласно священным предписаниям посвятить себя Ему. Потому-то тем, кто связывал себя с Ним и служит Ему непрерывно, взамен Он дарует себя.
Счастье по сути в том и состоит, чтобы быть целиком и полностью скорее в Боге, чем в самих себе.
Гносис