Единородный Сын Бога — вторая личность Троицы, это "Мудрость Бога, субстанционально сущая". В этой "Мудрости и заключается добродетельность и форма всякого будущего создания, которые сотворены первоначально и которые случайным образом появились". Платоновские идеи, таким образом, выражены как премудрость Бога. "И если все создано в премудрости, предсоздано в форме Идеи, то, значит, всегда были существа, которые впоследствии должны были быть сотворенными, согласно их субстанции". В противовес гностикам, адапционистам и медалистам Ориген утверждает, что Сын Божий порожден "от века" Отцом, но не так, как все остальное: он порожден посредством эманации, спиритуальной активности, как, к примеру, из разума истекает воля, и эта эманация вечна и непрерывна, как сияние от светила, и не от Духа к Сыну приходит это извне, но таков сам Сын по своей природе". Сын той же природы
Теория творения Оригена достаточна сложна. Сначала Бог создал рациональные существа, свободные и равные между собой, по своему образу. Их конечная природа и свобода становятся источником различности, несовпадения в поведении: некоторые остаются в союзе с Богом, другие, греша, удаляются, охлаждаясь в любви к Богу, и в этом разница между ангелами, людьми и демонами, как оставшимися верными Богу, отдалившимися и покинувшими его. Тело и телесный мир родились как последствие греха Бог одел удалившиеся души в тела, однако неверно думать, что тело негативно (как полагали платоники, особенно гностики): оно инструмент искупления и очищения. Душа, следовательно, предсуществует телу, хотя и не в платоновском смысле, ибо она сотворена из ничего. Различия же между людьми объясняются различиями условий жизни и поведения в предыдущей жизни (в большей или меньшей удаленности от Бога).
Типичное представление греков, воспринятое Оригеном, состоит в том, чтобы понимать мир как серию миров, созданных не одновременно, но последовательно один за другим. "Бог не начал творения с этого мира видимого, но, полагаем, что, как по скончании этого мира будет другой, так и нашему миру предшествуют другие". Такой взгляд подразумевает, что все духовное в конце концов очистится от греха, однако для полного очищения необходимо в процессе постепенного и неуклонного искупления избыть любой язык, пережить множество инкарнаций в последующих мирах.