Такова картина развития анатомии в XVI в. Однако анатомические исследования претерпели значительные изменения, когда Уильям Гарвей (1578—1657) опубликовал в 1628 г. работу «О движении сердца», где изложена теория кровообращения. Речь идет о революционном открытии, по крайней мере, по трем причинам. Прежде всего оно знаменует собой конец галеновой традиции; во-вторых, были заложены основы экспериментальной физиологии; в-третьих, теория кровообращения, воспринятая Декартом и Гоббсом, стала одной из наиболее прочных опор механицистской парадигмы биологии. И хотя Гарвей и говорит, что «сердце можно... считать основой жизни и солнцем микрокосма», он систематизирует результаты предыдущих анатомических исследований в пределах строго механистской модели: Таково истинное движение крови... кровь из левого желудочка сердца выталкивается и распределяется через артерии внутри организма, в каждую из его частей, а обратно, через вены кровь стекается через полую вену к правому желудочку. Пульсациями правого желудочка кровь выталкивается в легкие через легочную артерию. От легких кровь стекается в левое предсердие, далее, в левый желудочек... Сердце воспринимается как насос, вены и артерии — трубы, кровь — как жидкость, движущаяся под давлением, а венозные клапаны осуществляют ту же функцию, что и клапаны механические. Опираясь на эту механистическую модель, Гарвей опроверг французского врача Жана Фернеля (1497— 1559). Анатомируя трупы, Фернель увидел, что артерии и левый желудочек сердца пусты, и заявил в работе «Всеобщая медицина» (1542), что эти пространства заполняло «эфирное тело», жизненный «дух», исчезавший со смертью человека. Гарвей пишет: «Фернель, и не только он, утверждает, что эти духи — невидимые субстанции. <...> Необходимо сказать, что мы в ходе анатомических исследований ни разу не обнаружили никакого духа ни в венах, ни в нервах, ни в какой другой части организма».
Теория Гарвея представляет собой важный вклад в механистическую философию. Декарт распространит на все живые существа идею (уже высказанную Леонардо и присутствующую у Галилея), что живой организм — это разновидность механизма. Она ляжет в основу исследований Альфонсо Борелли (1608—1679), члена академии Чименто, профессора математики в Пизе, автора большого труда «О движении животных», опубликованного после его смерти в 1680 г. Борелли изучал статику и динамику тела, рассчитывая силу, развиваемую мускулами при ходьбе, беге, прыжках, поднятии тяжестей, внутренних движениях сердца. Он выявил мускульную силу сердца и скорость крови в артериях и венах. Согласно Борелли, сердце функционирует, как цилиндр с клапанами, а легкие — как два меха. Теми же средствами Борелли проанализировал полет птиц, плавание рыб и скольжение червей.
Франческо Реди против теории самозарождения