В 1602 г. Бэкон написал «Мужественное дитя времени»
По-видимому, в 1608 г. Бэкон начинает работу над «Новым Органоном» (опубликован в 1620 г.). «Великое восстановление наук», так и не реализованный проект, состоял из следующих этапов: 1. Разделение наук; 2. Новый Органон, или Указания для толкования природы; 3. Явления мира, или Естественная и экспериментальная история для основания философии; 4. Лестница разума; 5. Предвестия второй философии; 6. Вторая философия, или Действенная наука. Бэкон рассматривал «Новый Органон» как вторую часть этого труда, а «О достоинстве и приумножении наук» (1623) — как первую.
В первом описании истории Королевского общества, принадлежащем епископу Рочестера Томасу Спрату, читаем: «Я упомяну только великого человека, который имел ясное видение всех возможностей, открываемых этим новым учреждением: я имею в виду лорда Бэкона. В его книгах повсюду рассыпаны убедительные аргументы в защиту экспериментальной философии и наилучшие указания, как ее развивать: он изложил их с таким искусством... что никакое другое сочинение не годилось бы для того, чтобы стать введением к истории Королевского общества». Несомненно, комментирует Бенджамин Фаррингтон, «Королевское общество является наиболее крупным памятником Фрэнсису Бэкону». И если «Новая Атлантида» служит прообразом будущих научных сообществ, то энциклопедический проект «Великого восстановления наук» вдохновил Дидро и Д'Аламбера к созданию «Энциклопедии» в эпоху Просвещения.
С Бэконом в истории Запада возникает «новая интеллектуальная атмосфера». Он исследовал функцию науки в жизни и истории человечества; сформулировал этику научного исследования вопреки менталитету магического типа, еще широко распространенному; попытался сформулировать теоретические основы новой техники; заложил фундамент современной энциклопедии наук, которая станет одним из наиболее важных деяний европейской философии. Борьба с «идолами», отделение мирского знания от религиозной догмы, идентификация метафизики с «генерализированной физикой», обобщающей данные естественной истории, атомистический материализм, полемика против слепого эмпиризма магов и алхимиков, сотрудничество в научном исследовании, идентификация истины с поисками лучших условий для человека, ответственность научного исследования — таков вклад Бэкона, хотя и «писал о философии как лорд-канцлер» (по известному замечанию Гарвея). И все же по праву Бэкон занимает выдающееся место не только в истории философии, но и в истории научного знания вообще.
Почему Бэкон критикует магов и алхимиков