Контраст между половинами романа в письмах — лишь частный случай основного противоречия руссоистской доктрины. Современников удивлял пафос «добродетели» последних частей после пафоса «чувства» первых частей, совмещение в одном образе Юлии любовницы и проповедницы; нравоучения в устах героини с таким прошлым многим казались ханжеством. Вначале героев обуревают безудержные чувства, но затем в дело вступают сословные предрассудки, дочерний долг и общественные условности; Юлия, продолжая любить Сен-Пре, вынуждена выйти замуж за некоего Вольмара. Этого требует общество. Но все же, несмотря на противоречия, в день своего бракосочетания Юлия размышляет о значении торжественного церковного обряда, о впечатлении, которое произвели на нее слова священника во время святой обедни: «Вдруг мне почудилось, будто во мне произошел внезапный переворот. Словно некая непостижимая сила неожиданно умиротворила мои смятенные чувства, вернула их в прежнее русло, подчинив закону долга и природы. Предвечный, раздумывала я, ныне читает всевидящим оком во глубине моего сердца, Он сравнивает сокровенные мои помыслы с тем, что произносят мои уста; небо и земля — свидетели священного обязательства, которое я беру на себя, да будут они и свидетелями моей нерушимой верности». Внезапное озарение помогло героине обрести контроль над своими чувствами и подвергнуть их критическому анализу.
Итак, первые части романа изображают современного человека, каков он есть. На пути к его счастью непреодолимым барьером стоит уродливый социальный строй, показанный сперва в рамках дворянской семьи Юлии, а затем в картинах общественной жизни (письма Сен-Пре из Парижа). Письма героев дышат негодованием против порочной цивилизации, которой они противопоставляют естественные чувства своих пылких натур. Но дурное общество «портит» человеческую натуру. Естественные чувства, которым не дают ходу, выступают как чувства запретные. В «Новой Элоизе» героиня подчиняется не стихийным чувствам, а логике рациональной гармонии, которая должна управлять всеми людьми, приводя к обновленному равновесию между каждым членом общества и всеми остальными.
Это не нарушение равновесия внутри индивида и не надлом, а возвращение к упорядоченности. В этом смысле Руссо был охарактеризован Кантом как «Ньютон нравственности».
Сюжетный ход «Эмиля» напоминает «Новую Элоизу», где влюбленный в Софию герой, поддавшись уговорам своего воспитателя, воплощающего нравственную силу его высшего «Я», вынужден отправиться в путешествие и расстаться с предметом своей любви, чтобы обуздать собственные страсти. «Не бывает ни счастья без смелости, ни добродетели без борьбы: слово «добродетель» происходит от слова «сила»; сила — это основа всякой добродетели. <...> Я вырастил тебя скорее добрым, чем добродетельным, — говорит воспитатель, — но тот, кто только добр, остается таковым лишь до тех пор пока получает от этого удовольствие, до тех пор, пока его доброту не сметет буря страстей. <...> До сих пор ты был свободным только с виду, ты пользовался ненадежной свободой раба, которому ничего не приказывали. Сейчас пришло время стать действительно свободным, однако умей быть хозяином самого себя, умей повелевать своим сердцем: только по такому договору можно приказать своему сердцу».