Строительство монастырской церкви началось в 1023 году и продолжалось почти столетие. Башня и неф, выстроенные в романском стиле, сохранили первоначальный вид. Церковь поднялась высоко над Горой (привычного всем шпиля на башне, правда, еще не было) и сразу была атакована молниями. Каждые 25—30 лет на острове вспыхивали крупные пожары. В 1211 году, когда Аббатство в очередной раз сгорело, французский король Филипп II, желая, очевидно, искупить свой грех перед архангелом Михаилом и его сожженной обителью, начал строительство того, что впоследствии назвали «Чудо» (La Merveille). Всего за 17 лет – срок невероятный для того времени – был создан архитектурный шедевр, считающийся ныне общепризнанным образцом средневековой готики.
На протяжении всей Столетней войны Аббатство оставалось единственной французской территорией в Нормандии, не захваченной англичанами. По легенде, выстоять монастырю помог Святой Михаил, явившийся Жанне д'Арк и позвавший ее возглавить спасение Франции.
Со временем монастырская жизнь ухудшалась, средств на реконструкцию зданий становилось все меньше. Позднее крепость превратилась в тюрьму, куда короли ссылали непокорных аристократов, священников, политических деятелей. Но еще в 1472-м король Людовик XI разместил в одной из самых сырых камер монастыря железную клетку для особо опасных преступников – адское изобретение кардинала Балю. Клетка представляла собой частокол из толстых деревянных прутьев, окованных железом, ее на цепях подвешивали к своду, так что при каждом движении узника клетка начинала раскачиваться. Попавшим в эту клетку несчастным надеяться было не на что – несмотря на усилия сострадавших им монахов, довольно скоро они сходили с ума и умирали от голода и холода. Клетка исправно служила французским королям на протяжении 300 лет, одним из последних в ней мучился Виктор Дюбур, журналист, осужденный в 1745 году за памфлет на Людовика XV. Дюбур умер спустя год после заточения, а в 1777-м жуткая клетка наконец была уничтожена.