На этом диспуте, проходившем в Лейпциге, противниками доктора богословия Экка были сам Лютер и его друг, профессор греческого языка Виттенбергского университета Филипп Меланхтон, который своим мягким и осторожным характером восполнил недостатки Лютера и нивелировал его резкости. Прения, начатые вопросом об участии свободной воли человека в деле его спасения, перешли к вопросу о папской власти. Лютер защищал положение, что эта власть не может быть доказана ни Священным Писанием, ни учением Церкви первых веков и есть человеческое утверждение. Причем, возражая Экку, он сказал: «Неужели должны быть признаны еретиками, недостойными Царства Небесного, такие отцы Церкви, как Василий Великий, Григорий Богослов и другие, не признававшие главенства папы?» Поставленный таким возражением в тупик, Экк согласился, что ответить на такой вопрос не так просто. Он сослался на авторитет Соборов, которые осудили противников папской власти, и спросил Лютера, признает ли он какую-либо силу за Вселенскими Соборами и непогрешимость их постановлений. Лютер ответил, что и Соборы подвержены ошибкам, что Собор Констанцский, осудивший Гуса, произнес осуждение на многие положения, истинно христианские, евангельские. Тогда Экк сказал: «С тех пор, достопочтенный отец, вы для меня не лучше язычника и мытаря».
После этого расстроенный Экк отправился к папе хлопотать, чтобы Лютер был торжественно осужден как еретик. Событие избрания императора Священной Римской империи, которое отнимало все внимание папы, отсрочило процесс над Лютером до 1520 г. В нем принимали участие кардиналы, видные богословы и юристы.
В результате этого заочного процесса появилась папская булла, условно предававшая Лютера проклятию и состоявшая из частей: 1) опровержение 41-го тезиса Лютера; 2) запрещение его сочинений и их уничтожение и 3) угроза проклятием Лютеру, его покровителям и сторонникам, если они не отрекутся от своих заблуждений в течение шестидесяти дней.
До Германии папская булла шла три месяца и уже потеряла всякий смысл, ибо к этому времени, к лету 1520 г., позиция Лютера упрочилась, а его отношение к папству стало более нетерпимым. В своем сочинении «К дворянству немецкого народа об исправлении христианского состояния» он колеблет самые основы папизма и в этом находит поддержку у значительной части населения Германии, так что на повторное требование папы о выдаче Лютера курфюрст Фридрих нашел полезным ответить отказом на том основании, что учение его широко распространилось и пустило глубокие корни не только в немецких землях, но и за их пределами и что если оно не будет опровергнуто разумными доводами и Священным Писанием, то насилие духовных властей вызовет только еще большее возмущение в немецкой земле.
Именно созвучие религиозных взглядов Лютера духовному сознанию подавляющего большинства населения Германии XVI в. было причиной успеха выступления Лютера у народных масс.
Когда Лютер сформировался как реформатор Церкви, когда он внутренне обосновал свои новые позиции, папство стало представляться ему полнейшей противоположностью Христу и Его Церкви. Поэтому в начале июня 1520 г. Лютер начал активную борьбу с папизмом. Новое сочинение Сильвестра Маццолини о всемогуществе папы и его непогрешимости послужило этому конкретным поводом. В предисловии и послесловии к перепечатанному Лютером тексту этого сочинения он в резких выражениях говорил о том, что если так думают и учат в Риме с ведома папы и кардиналов, то римский двор есть синагога сатаны и что необходимо искоренить эту чуму военной силой. Вслед за этим Лютер потребовал перенесения своего дела на собор.
В вышедшем в это время его сочинении «О папстве в Риме» нашло отражение одно из положений реформатора: «каждый человек есть священник». Христианство, пишет он, не есть внешне священное общество с определенным строем и видимой главой, как, например, Церковь, привязанная к Риму, христианство – везде, где есть внутренняя вера, духовное единение душ в одной вере.
Написал Лютер и ответ на папскую буллу, о которой говорилось выше и которую он назвал антихристовой. В силу власти, полученной через крещение, он предал папу сатане, также и его кардиналов, пока они будут упорствовать в своем богохульстве, нечестии и безумии. Наконец, при многочисленном стечении народа, профессуры и студентов университета, Лютер сжег на костре за воротами Виттенберга папскую буллу вместе с книгой католических правил в знак совершенного своего отречения от Римской церкви. Папа в ответ на это предал его проклятию.
Стремление Лютера заложить фундамент нового церковного здания особенно ясно выразилось в его сочинениях «О добрых делах» и «О свободе христианина».