9 января 1945 г. 6-я американская армия высадилась на Лусоне. Высадка прошла практически без сопротивления, так как генерал Ямасита, зная, что авиация и артиллерия американского флота уничтожают всех защитников береговых укреплений еще до высадки десанта, решил дать бой в глубине острова. В течение первой недели американские войска продвинулись на десятки миль, и обнаружилось, что Ямасита отводит свои дивизии в гористую северную часть Лусона, чтобы организовать там линию обороны. Действия Ямаситы, на решения которого не могли повлиять ни приказы из Сайгона, ни разносы из Токио, вынудили премьера Койсо выступить в парламенте с заявлением, что «военные события на Тихоокеанском театре нельзя рассматривать только оптимистично. Однако линии коммуникаций противника растянуты настолько и подвергаются нашим атакам столь интенсивно, что я убежден — именно в этом лежит наш золотой шанс на окончательную победу». Такое заявление для понимающего эзопов язык японца означало признание сокрушительного поражения.
Отступление Ямаситы не означало, что Филиппины достаются американцам без боя. В отдельных пунктах они наталкивались на серьезное сопротивление. Достаточно вспомнить, что в 1942 г. пронизанный дотами и туннелями о-в Коррехидор смог удержаться против небольшого японского десанта лишь 12 часов и поспешил капитулировать. В 1945 г. 5 тыс. японских защитников этой крепости 11 дней сопротивлялись целой американской армии, сотням самолетов и тяжелых морских орудий. Из всего японского гарнизона осталось в живых лишь 20 человек.
В планы Ямаситы не входила оборона Манилы, которая в стратегическом отношении не давала никаких преимуществ, и японские войска, прихватив с собой марионеточное филиппинское правительство, покинули столицу. Однако на следующий день вопреки приказу Ямаситы в город вошли части контр-адмирала Саньо, которым командование японского флота приказало уничтожить портовые сооружения Манилы. Выполнив эту задачу, адмирал решил Манилу американцам не отдавать. Десять дней моряки сражались на подступах к Маниле и в самом городе, где в эти дни царил невероятный террор — подобно утопающему, который хочет утянуть с собой на дно других, моряки как будто задались целью оставить американцам пустой город. Резня в Маниле «по своей жестокости могла сравниться только с массовой резней, устроенной японской армией в Нанкине. В Маниле было убито несколько десятков тысяч мирных жителей: тысячи людей были расстреляны из пулеметов, а некоторых в целях экономии боеприпасов сожгли заживо, облив бензином».
С освобождением Манилы война на Филиппинах не закончилась. Ямасита имел около 100 тыс. солдат на Лусоне и более 50 тыс. — на других островах. В течение марта — апреля продолжались бои по всему архипелагу. Важную роль сыграли в них партизаны, не только служившие проводниками и советниками американцам, но и вступавшие в бои с отдельными японскими отрядами и прочесывавшие горные районы. Лишь к маю 1945 г. битва за Филиппины закончилась и центр боев на Тихом океане переместился к северу, к берегам самой Японии.
В то время как остатки японской армии еще сопротивлялись в горах на востоке Лусона, на Филиппинах наступила драматическая пора подведения итогов. Решение конгресса США о предоставлении Филиппинам независимости не означало, что американцы пустят это дело на самотек. В частности, Макартур должен был обеспечить приход к власти такой администрации, которая устраивала бы Вашингтон. Главную опасность для американских интересов Макартур видел в партизанах, численность которых составляла, по различным источникам, от 40 тыс. до 100 тыс. человек. Они пользовались поддержкой крестьянства Лусона и имели достаточно сильные позиции в возрождавшихся рабочих союзах. Уже во время кампании на Лусоне американские части принимали меры по разоружению отрядов «хуков», положение которых было крайне невыгодным. С одной стороны, американцы были освободителями, приход которых «хуки» приближали своими действиями, с другой — военное превосходство американцев было настолько подавляющим, что любые вооруженные действия отрядов Хукбалахап против них были бессмысленны. Поэтому, несмотря на трения с союзниками, отряды «хуков» сдавали оружие. Однако когда Макартур приказал арестовать лидеров Коммунистической партии Филиппин и командование армии Хукбалахап (были арестованы Луис Тарук, его заместитель Алехандрино и пять ведущих офицеров), в Маниле и других городах прошли массовые демонстрации протеста. Возмущение охватило и круги, далекие от компартии. Макартур понял, что поторопился с решительными мерами, и в марте командиры армии «хуков» были освобождены из тюрьмы.