И действительно, 23 октября 1825 года все участники дела были оправданы. Но судья — Иван Пущин (тот самый будущий декабрист и лицейский однокашник Александра Пушкина) — опротестовал оправдательный вердикт. Иван Иванович всей душой ненавидел распущенность и хотел изменить российские нравы. Пущин был уверен: пороки надо выжигать калёным железом. А тут они в полной красе — аристократы играют в карты, пьют, дерутся. И в деле даже имеется труп! Как можно такое простить?
Пущин настаивал на том, что Алябьева и компанию надо отправить в Сибирь. Даже если они никого не убивали. Просто ради благого примера. Для исправления нравов. И чтобы другим неповадно было.
Дело стали пересматривать вновь. К этому времени уже и сам Пущин сидел в Петропавловской крепости. Вместо Александра Павловича на престол взошёл Николай I. Новый император в первый же день чуть не стал жертвой гвардейского мятежа. И вся тема «гусарской вольницы» была ему ненавистна. На приговоре написал «Сему быть». Говорят, что на словах государь добавил, что даже если композитор и не виновен, то «таких» следует держать как можно дальше от столиц.
11 марта добиваются разрешения на эксгумацию тела и вскрытие тут же в монастыре, при этом присутствовать могли все желающие. Заключение новое — смерть наступила от разрыва селезёнки. Однако позже даже всемогущий глава тайной полиции Александр Бенкендорф признавал, что скорее всего второе заключение сделано неграмотно. И разрушения внутренностей наступили из-за влажности могилы. А будь они нанесены в доме у Алябьева, то умер бы Тимофей не через три дня, а в течение суток и в страшных мучениях. А помещик всё же ушёл от картёжников на своих ногах и врачам не жаловался
«…Не так живи, как хочется, а как Бог велит; никто столько не испытал, как, я, грешный…» — писал композитор. Только сестра Екатерина, добровольно последовавшая за братом в ссылку, да любимая музыка спасали от отчаяния. В ссылке Алябьев организовал хор, выступал в концертах. Переезжая с одного места на другое, он записывал песни народов России — кавказские, башкирские, киргизские, туркменские, татарские, использовал их напевы и интонации в своих романсах. Совместно с украинским историком и фольклористам М. Максимовичем Алябьев составил сборник «Голоса украинских песен» (1834). Композитор постоянно сочинял. Он писал музыку даже в тюрьме: находясь под следствием и судом, создал один из лучших своих квартетов — Третий, с вариациями на тему «Соловья» в медленной части, а также балет «Волшебный барабан», долгие годы не сходивший со сцен русских театров.
И в дальнейшем в творчестве Алябьева нашел отражение его жизненный путь. Любопытно, что в партитурах исследователи выявили использование различных исполнительских составов: театральные жанры, относящиеся к жизни в столице, хоры со времен церковного покаяния, концертная оркестровая музыка со времен пребывания в Сибири, камерные произведения, которые он исполнял в кругу друзей в Оренбурге.
С годами в творчестве Алябьева все явственнее проступали автобиографические черты. Мотивы страдания и сострадания, одиночество, тоска по родине, стремление к свободе — вот характерный круг образов периода изгнанничества (романсы «Иртыш» на стихи И. Веттера — 1828, «Вечерний звон», на стихи И. Козлова (из Т. Мура) — 1828, «Зимняя дорога» на стихи Пушкина — 1831).