В 1789 г. начинается политическая деятельность Огиньского, он — польский посол в Нидерландах (1790), Англии (1791); возвратившись в Варшаву, занимает пост казначея Литвы (1793-94). Казалось, ничто не омрачает блестяще начатую карьеру. Но в 1794 г. вспыхивает восстание Т. Костюшко за восстановление национальной независимости страны (польско-литовское королевство Речь Посполитая было разделено между Пруссией, Австрией и Российской империей). Будучи страстным патриотом, Огиньский примыкает к восставшим и активно участвует в борьбе, а все свое имущество отдает "в дар родине". Участие Огиньского в восстании не было формальным — на собственные деньги он сформировал и вооружил отряд численностью более 2000 человек, во главе которого не без успеха развернул партизанскую войну против русских войск. Марши и боевые песни, созданные композитором в эти годы, получили большое распространение и были популярны среди повстанцев.
Поражение восстания вызвало необходимость покинуть родину. В Константинополе (1796) Огиньский становится активным деятелем в среде эмигрировавших польских патриотов. Теперь взоры поляков с надеждой устремлены к Наполеону, который многими воспринимался тогда как "генерал революции" (Л. Бетховен намеревался посвятить ему "Героическую симфонию"). С прославлением Наполеона связано возникновение единственной оперы Огиньского "Зелида и Валькур, или Бонапарт в Каире" (1799). Годы, проведенные в путешествиях по Европе (Италия, Франция), постепенно ослабляли надежду на возрождение независимой Польши.
В этот момент и был написан знаменитый полонез. Огиньский, создавая «Прощание с Родиной», не был новичком. Он успешно совмещал политическую карьеру с музыкальным творчеством, и на его счету к тому времени было немало произведений. Основную часть его небольшого наследия составляют фортепианные пьесы: польские танцы — полонезы и мазурки, а также марши, менуэты, вальсы. Особенно прославился Огиньский своими полонезами (более 20). Он первым стал трактовать этот жанр не как чисто танцевальный, а скорее как лирическую поэму. Решительный боевой настрой соседствует у Огиньского с образами грусти, меланхолии, отразившими носящиеся в воздухе того времени сентименталистские, предромантические настроения. Четкий, упругий ритм полонеза соединяется с плавными вокальными интонациями романса-элегии. Но ни одному из его полонезов не удалось повторить успех «Прощания с Родиной». Поэтизируя польский танец, Огиньский открывает путь великому Ф. Шопену.
Восстание Костюшко обернулось катастрофой и для Польши, которая в результате очередного раздела исчезла с карты мира, и для самого Огиньского, который лишился всех своих поместий. Деньги и даже драгоценности жены Изабеллы он потратил на оплату оружия, амуниции и продовольствия для повстанцев и в итоге остался практически без средств к существованию. Жена Михала Изабелла, никогда не понимавшая пассионарности мужа и не разделявшая его убеждений, вскоре оставила его, уехав к родственникам.
Изабелла Лясоцкая, первая жена Огиньского
Но в 1802 году судьба Михаила Огиньского вновь делает крутой поворот — новый русский император Александр I объявляет амнистию участникам восстания Костюшко. Огинский не только получил право вернуться домой, но ему вернули и все его владения. Подобной милостью Михаил был обязан поляку Адаму Чарторыйскому, входившему в ближайшее окружение молодого императора и убедившего Александра простить повстанцев. Огиньский поселился в своём имении Залесье, где построил усадьбу и заложил парк
Расставшись с первой женой, 37–летний князь женится на 25-летней вдове, графине Марии Нагурской, итальянке по национальности. Об этой женщине ходила весьма дурная слава. Наиболее вежливые биографы называют ее «легендарной», не вдаваясь в подробности. Более откровенные сообщают, что темперамент Марии не знал границ до такой степени, что количество её любовников не мог сосчитать никто. Мария родила Михалу четверых детей — трёх девочек и одного мальчика, но лишь в отношении одной из дочерей, Амелии, у современников не было сомнений в том, что её отцом является Огинский, который прожил с Марией целых тринадцать лет. Что ж, как говорится, любовь зла…
В 1810 году дворянство Виленской и Гродненской губерний решало вопрос о том, кого направить к императору Александру I в качестве советника по делам края. Выбор пал на Михала Огиньского. Кандидатуру бывшего бунтовщика и польского политика поддержал и губернатор Михаил Илларионович Кутузов. Так, Михаил Огинский стал сенатором Российской империи и вошёл в число доверенных лиц русского императора, вернувшись в большую политику.
В 1817 году, устав от политической жизни, Михал Огиньский сложил с себя полномочия сенатора и вернулся в своё поместье, затем некоторое время жил в Вильно и Варшаве. Ни о какой новой опале речи не шло — к Огиньскому в России относились благожелательно, никоим образом не попрекая прошлым.