В 1896 году Скрябин знакомится с молодой пианисткой Верой Ивановной Исакович и делает ей предложение. Через год пара обвенчалась в Нижнем Новгороде. Сразу после свадьбы молодые отправились жить за границу, где Скрябин зарабатывал деньги исполнением собственных произведений. В 1898 году у них рождается первая дочь, Римма, в течение 4 последующих лет — еще две дочери и сын. С этого же времени Скрябин — профессор Московской консерватории. Младшему сыну едва исполнился год, когда Скрябин покинул семью ради Татьяны Федоровны Шлёцер, которой сильно увлекся и писал ей конспиративные любовные письма. Но он забывал клеить на них марки, поэтому их получали и оплачивали родственники девушки, неодобрительно относившиеся к ее связи с женатым мужчиной. Вообще Александр Николаевич был олицетворением того, что называется творческой натурой — непрактичным и рассеянным. Проверяя точность нотных записей своих сочинений за роялем, он играл музыку, которую ему подсказывал внутренний слух, не обращая внимания на несоответствия в нотном тексте. С корректурой произведений композитору помогал А.К. Лядов. Несколько концертов Скрябина в Париже не состоялись из-за того, что он не смог уладить договорные вопросы.
Несмотря на то, что второй союз продлился до конца его жизни, Вера Ивановна так и не дала супругу развод, а трое детей от Шлёцер носили фамилию матери.
С конца 1890-х годов Скрябин сближается с философом С.Н. Трубецким, мировоззрение которого всецело разделяет. Единственное исключение — Трубецкой считал, что любовь — всемогуща и является основой всего («Бог есть любовь»), а Скрябин — что таковым является искусство. Тогда же окончательно сложилось и творческое кредо композитора — единение человека-творца и духа мироздания, вера в возможность искусства преображать людей.
У композитора возникла идея написать прелюдии в каждой тональности. В конечном итоге их собралось 47. Они вышли в издательстве Беляева в 1897 году. 3 января 1896 года Александр Николаевич впервые дает авторский зарубежный концерт — в Париже, несколько дней спустя его ждали Брюссель, Берлин, Амстердам, Гаага и Кёльн. Публика принимала нового автора восторженно, а критика разразилась одобрительными рецензиями — необычный талант Скрябина очень заинтересовал публику. К рубежу веков произведения Скрябина входят в репертуар ведущих пианистов. Его Третья соната, четыре части которой отражают четыре состояия души, подводит итоги первого этапа творческой деятельности.
С новым столетием наступает симфонический период в творчестве композитора. Симфонии Скрябина — это уже не только музыка, это символизм и философия. С 1900 по 1903 годы композитором были написаны 3 симфонии. Первая — сформировала уникальный скрябинский стиль — его филигранную проработку деталей, тематическую связь всех частей. Впервые это сочинение было исполнено не полностью, так как имело сложную хоровую часть, текст к которой написал сам автор. После выхода в печати нот Второй симфонии Н.А. Римский-Корсаков назвал Скрябина «великим талантом». Третья симфония, названная «Божественной поэмой» — вершина творчества композитора. Программу к произведению, посвященному развитию человеческого духа, написала Т. Шлёцер. Премьера симфонии прошла в Париже в 1905 году.
Едва отдав переписанные ноты Третьей симфонии в издательство, Скрябин увлекся идеей следующего произведения — «Поэмой экстаза». Это произведение также имеет авторский стихотворный текст. Мировая премьера состоялась в Нью-Йорке в 1908 году, российская — несколькими месяцами спустя.
В 1905 году в Швейцарии умерла 7-летняя Римма Скрябина. Александр Николаевич навзрыд рыдал над ее могилой. Здесь состоялась последняя встреча Скрябина с первой супругой Верой Ивановной: больше они никогда не виделись. В 1910 году Александра Николаевича ждал новый тяжелейший удар — от болезни умер его сын Лев. Мальчику, как и его погибшей сестре, было 7 лет. Мистически настроенный композитор уверен, что над ним тяготеет проклятие.