Однако наиглавнейшая заслуга Скарлатти заключается в том, что он создал в своем творчестве тип оперы-seria, который в дальнейшем стал эталоном для композиторов.
Алессандро Скарлатти, как и Бах, Гендель, Вивальди, стоял на рубеже двух резко отличающихся одна от другой музыкальных эпох: барокко и классицизма. Поэтому и оперные формы в его творчестве являются важным звеном между манерой пения раннего итальянского барокко XVII века, с центром во Флоренции, Венеции и Риме, и классической школой XVIII века, самым ярким представителем которой был Моцарт. Ранние оперы Скарлатти, написанные до 1685 года — «Невинная ошибка», «Честность в любви», «Помпей» и другие, содержали старые формы речитатива и аккуратно сконструированные маленькие очаровательные арии, с тщательно проработанным аккомпанементом в исполнении иногда струнных, а иногда одного клавесина.
В 1686 году в опере «От зла — добро» он окончательно утверждает форму «итальянской увертюры»: быстро-медленно быстро, и трехчастную форму арии. Его лучшие оперы этого периода — «Розаура» и «Пирр и Деметрий».
Где-то с 1697 года и далее оперы Скарлатти начинают звучать более традиционно, но композитор вносит важные изменения в оркестровку, часто используя гобои и трубы. Оперы, сочинённые для Козимо III Медичи утеряны — они могли бы дать более полное представление о стиле Скарлатти. Его переписка с тосканским герцогом заставляет догадываться, что эти оперы были написаны с истинно ярким вдохновением.
Его последние оперы, сочинённые в Риме, отличают сильное поэтическое чувство, широкая и величественная мелодия, глубокое понимание драматизма. Здесь он впервые применяет такое новаторское средство, как речитативы с аккомпанементом, еще более усовершенствует оркестровый стиль.