Между тем Покровский подготовил следующий удар «старой касте»: осенью 1929 года сотрудники Центрального архива, который он возглавлял, донесли, что Академия наук скрывает материалы огромной историко-политической ценности: документы партий эсеров и кадетов, подлинники отречения Николая II и великого князя Михаила, бумаги Керенского и многое другое. Енукидзе еще в 1926 году был уведомлен о том, что в архивах Академии наук хранятся эти документы, но Политбюро воспользовалось «архивной историей» для завершения многолетней интриги, направленной против ее ученых. В октябре 1929 года в Ленинград прибыла Особая следственная комиссия в составе представителей ОГПУ Я. X. Петерса и Я. С. Агранова, прокурора РСФСР Н. В. Крыленко и Фигатнера, которая расценила хранение архивных документов как доказательство антисоветского заговора в Академии наук. К концу 30-х годов члены этой комиссии будут расстреляны, М. Н. Покровский дождется расправы с ненавистной «старой» Академией смертельно больным, но успеет порадоваться, что теперь она «такое же научное учреждение, как и всякое другое учреждение Советского Союза». Последствия этой «победы» прозорливо определил академик Павлов. 26 декабря 1929 года он говорил на заседании в честь столетия со дня рождения физиолога Ивана Михайловича Сеченова: «Мы живем под господством жестокого принципа: государство, власть — все. Личность обывателя — ничто. Жизнь, свобода, достоинство, убеждения, верования, привычки, возможность учиться, средства к жизни, пища, жилище, одежда — все в руках государства... А у обывателя только беспрекословное повиновение. На таком фундаменте, господа, не только нельзя построить культурное государство, но на нем не могло бы держаться долго какое бы то ни было государство. Без Иванов Михайловичей, с их чувством достоинства и долга, всякое государство обречено на гибель изнутри, несмотря ни на какие днепрост-рои и волховстрои».
В это время шли массовые аресты ученых Отделения гуманитарных наук и сотрудников аппарата Академии наук. Отправленный в отставку С. Ф. Ольденбург тоже ждал ареста, он и его домашние ложились спать одетыми, ночью прислушались к шагам на лестнице. Вернадский советовал Ольденбургу собрать вещи для тюрьмы, у обоих академиков уже был тюремный опыт. (Вещи, собранные для тюрьмы, годами хранились у людей «подударных» профессий, а таких профессий было не счесть. Приготовленный на случай ареста саквояж был у переводчика и поэта М. Л. Лозинского97
, а маршал Г. К. Жуков хранил свой «арестный» чемоданчик до 1957 года.) В эти тревожные дни сын Елены Григорьевны Митя вспомнил, что видел в кладовой Музея этнографии «много бумаг Милюкова и каких-то бумаг кадетов... И Сергей тоже вспомнил... Когда все бежали из Петрограда кто куда, то к нему тащили все... Решили, что ночью, когда на лестнице никто не будет ходить в Правление, то Митя пойдет и посмотрит, что там есть наверху в кладовых», — писала она. Несколько ночей в квартиру тайком приносили корзины с документами и до утра жгли бумаги в печах. «Как жаль... Сколько здесь гибнет истории русского общества»; С. Ф. Ольденбург сказал Вернадскому, «что я чуть не плачу, когда жгут бумаги, т. к. здесь много ценного в историческом отношении. Вл. Ив. напал на меня — надо обязательно жечь... Если обыск будет у нас, могут пострадать многие люди... Горит, горит!» — горестно писала Е. Г. Ольденбург.Особая следственная комиссия наметила контуры политического дела, а «творчески развить» его предстояло ленинградскому ОГПУ. Питерские чекисты стремились подготовить громкий судебный процесс, где подсудимыми станут известные ученые, среди которых четыре академика — историки С. Ф. Платонов, Е. В. Тарле, Н. П. Лихачев и М. К. Любавский. Сценарий обвинения сложился не сразу, со временем «преступное» хранение документов в архивах Академии отошло на второй план, и была вымышлена антисоветская организация «Всенародный союз борьбы за возрождение свободной России», в которую якобы входили ученые. «Всенародный союз» готовил государственный переворот, восстановление монархии, и академики уже распределили министерские посты в будущем правительстве. Фантазия чекистов не знала пределов: заговорщики были связаны с правительствами Германии, Франции и с Ватиканом; Германия готовила 100-тысячную армию для захвата Ленинграда, к ней должна была присоединиться французская авиация, а все расходы на военную кампанию брал на себя Ватикан, потому что «Всенародный союз» обещал Папе ввести в России церковную унию. В Академии якобы действовали немецкие шпионы и военная организация из сотрудников — бывших офицеров, державшая склады оружия в Институте русской литературы (Пушкинском Доме) и в Гатчинском дворце-музее. Роль главы «Всенародного союза» ОГПУ предназначило академику С. Ф. Платонову, который был известен политической приверженностью к монархизму.