Однако дела затянулись еще на несколько лет, так как царь не выводил своих войск из Правобережной Украины. Только в конце 1714 года московские войска сдали Белую Церковь и ушли за Днепр. Орлик с запорожцами в конце 1712 года попробовали захватить Правобережье под свою власть, но силы у них были незначительные, и польское войско под предводительством гетмана Сенявского, отправленное для оккупации Правобережной Украины, разогнало их без большого труда. Москва и Турция пришли к полному соглашению, и Карл вынужден был выехать из Турции. С ним отправился и Орлик с несколькими товарищами по изгнанию; остальные вернулись на Украину. Запорожцы тоже стали проситься обратно, но московское правительство принимало отдельные отряды, а всей Сечи целиком принять не соглашалось, ввиду соглашения с Турцией 1712 года, и только много позже, когда решена была новая война с Турцией, дало свое согласие на возвращение и восстановление Сечи в 1733 году».
В 1739 году Орлик так и умер в изгнании.
Наступало новое время, время Российской империи.
Поглощение Гетманщины Российской империей было достаточно долгим, около ста лет. Московское правительство не хотело делать из украинцев своих врагов, предстояло еще много воевать с Турцией за Черное море.
Российская политика на Украине добивалась:
1) совершенного покорения украинской элиты и поспольства;
2) «порядка» в управлении и экономике Украины;
3) максимального использования украинских людских и хозяйственных ресурсов.
Полтавская битва и польско-московско-турецкое перемирие на долгие годы определили политическое будущее Украины. Волынь и Подолия остались под Польшей.
Киев и Левобережье — под Москвой. Юг — под Турцией и татарами.
Ставка гетмана была перенесена из Батурина в Глухов, в котором стояло два московских полка, а резиденты царя имели тайный приказ при необходимости арестовать гетмана и старшину. Это сильно подрывало гетманскую власть.
Практически гетман мало что мог сделать без ведома и разрешения царя; все хорошо понимали — где теперь сила и политическая власть. Московские резиденты распоряжались на Украине, города которой приняли петровские гарнизоны. Украинцы строили Ладожский канал и Санкт-Петербург, крепости на Волге и Кавказе. Петр вмешивался в гетманское управление, назначал старшину и полковников, все чаще ими становились представители московской элиты.
Князь Голицын писал канцлеру Головкину; «Ради нашей безопасности нужно прежде всего посеять вражду между полковниками и гетманом. Не нужно исполнять просьбы гетмана. Когда народ увидит, что гетман не имеет такой власти, как Мазепа, то, надеюсь, будет приходить с доносами. Нужно, чтобы во всех полках были полковники, несогласные с гетманом. Если между гетманом и полковниками не будет согласия, то все их дела будут нам открыты».
В 1722 году была учреждена Малороссийская коллегия — как орган, контролировавший гетмана. Указ Петра I от 29 апреля создал структуру из семи московских высших офицеров, командовавших расквартированными на Украине войсками, во главе с бригадиром Степаном Вельяминовым. Коллегия, формально созданная для приема жалоб на гетманское правление, практически сводила на нет власть Скоропадского:
«Для прекращения возникшего в малороссийских судах и войске, велено быть при гетмане бригадиру Вельяминову и шести штаб-офицерам из Украинских гарнизонов на основании договоров, поставленных с прежними гетманами.
1. Обязанность Коллегии надзирать за скорым и беспристрастным производством дел во всех присутственных местах и обиженным оказывать законное удовлетворение.
2. Иметь верную ведомость о денежных, хлебных и других сборах и принимать оные от малороссийских урядников и войтов.
3. Производить из сих денег жалованье, с гетманского совета, сердюкам и компанейцам; иметь приходные и расходные книги и ежегодно представлять прокурору в Сенат.
4. Припятствовать, с гетманского также совета, генеральным старшинам и полковникам изнурять работами казаков и посполитых людей.
5. Смотреть, чтобы драгунам отводимы были квартиры без всякого исключения, даже в гетманских поместьях, кроме двора, где он имеет жительство; также во дворах старшин, священников, церковнослужителей.
6. Рассматривать, вместе с полковыми командирами, имеющие поступать жалобы от нижних чинов и малороссиян.
7. Наблюдать, чтобы присылаемые гетманом указы от государя и Сената были записываемы в Генеральной канцелярии, и в свое время доставлялись рапорты; также препятствовать писарям гетманским подписывать вместо него, универсалы и отправлять оные из Коллегии».
Скоропадский поехал в Санкт-Петербург просить Петра пересмотреть этот указ. Император отказал, гетман вернулся в Глухов, где через несколько месяцев умер.