Как же к такой разгульной жизни Алексея относилось его начальство? Отметим, что начальником над ним был только его брат-император. Он был доволен службой Алексея – или делал вид, что доволен. Когда Александр III умер в 1894 году, ему на смену пришел Николай II – племянник Алексея. Он откровенно боялся своего дяди и не решался ему перечить. Тогда за дело взялись родственники, возмущенные неразберихой, царившей в Морском ведомстве, и огромными растратами. В царствование Николая II они не раз предпринимали попытки убрать с должности великого князя Алексея, но заступничество вдовствующей императрицы Марии Федоровны спасало его от этого. Против Алексея выступил его племянник Сандро, подавший в 1896 году доклад Николаю II о плачевном состоянии флота и необходимости реформ. В результате Александр Михайлович был вынужден подать в отставку, так как генерал-адмирал тоже грозился отставкой. Тогда ничего сделано не было.
При Алексее коррупция и казнокрадство полностью разложили Морское ведомство. Дело доходило до того, что броня кораблей буквально расползалась, ибо металлические заклепки были разворованы, и броневые листы крепились деревянными втулками. Один новейший миноносец едва не затонул на полпути между Кронштадтом и Петербургом, так как в дырки для заклепок кто-то воткнул сальные свечи. При таком флотоводце снаряды корабельных орудий даже не взрывались, зато частенько взрывались сами пушки, убивая и калеча людей.
Алексея обвиняли в растратах казны и грустно шутили, что дамы Парижа обходятся России в год по одному броненосцу. Он прославил себя огромными хищениями, при нем казнокрадство на флоте достигло небывалых размеров, сумма прикарманенных им денег исчислялась миллионами. Не брезговал он и суммами Красного Креста, предназначавшимися для раненых воинов. «В карманах „честного“ Алексея, – писали современники, – уместилось несколько броненосцев и пара миллионов Красного Креста, причем он очень остроумно преподнес балерине-любовнице чудесный красный крест из рубинов, и она надела его в тот самый день, когда стало известно о недочете в два миллиона». Карьера Его Высочества была запятнана рядом финансовых скандалов. В 1902 году провели наконец расследование о злоупотреблениях в Морском ведомстве, в результате которого 43 офицера были обвинены во взятках и коррупции. Против самого Алексея не выдвигалось никаких обвинений, но ряд его заместителей обвинили в хищениях и они были осуждены. На следующий год разразился скандал по поводу морского бюджета, за который Алексей нес ответственность. Дополнительные 30 миллионов рублей, то есть половина ежегодного бюджета военно-морского флота страны, как в воду канули. Алексею удалось все же отчитаться по этим суммам, хотя за это время ни одного корабля на воду спущено не было. В то же время он купил себе особняк в Париже. Великий князь Константин Константинович записал в своем дневнике: «Если это так, то нельзя не удивляться таким расходам со стороны русского великого князя».
Беззаботное существование великого князя Алексея Александровича было прервано трагедией. Несмотря на все признаки надвигающейся войны с Японией, генерал-адмирал продолжал свои каждодневные празднества. Сандро однажды пытался поговорить с Алексеем на эту тему. Вот что из этого вышло: «Свидание носило скорее комический характер. Все вооруженные силы микадо на суше и на море не могли смутить оптимизма дяди Алексея. Его девиз был неизменен: „мне на все наплевать“. Каким образом наши „орлы“ должны были проучить „желтолицых обезьян“, так и осталось для меня тайной. Покончив таким образом с этими вопросами, он заговорил о последних новостях Ривьеры, что дал был он, чтобы очутиться в Монте-Карло. Пошли вопросы: видел ли я мисс X и понравилась ли мне мисс У?»
В 1904 году началась Русско-японская война. В течение 18 месяцев Россия шла от поражения к поражению. На счету Алексея Александровича было две войны: Русско-турецкая 1877—1878 годов и Русско-японская 1904—1905 годов; последнюю он позорно проиграл. Все заседания Морского ведомства в 1904 году проходили под председательством Алексея Александровича. По словам С. Ю. Витте, великий князь выразил свою крайнюю слабость в смысле предупреждения этой войны, хотя осознавал, что она скорее принесет беду. Он отрицательно относился к идее отправки эскадры Рождественского на верную гибель, но на своем мнении не настоял. Роковое решение принял вопреки всякой логике сам император Николай П.