Через несколько недель после подписания договора американский и филиппинский патрули вступили в перестрелку на окраинах Манилы. Началась филиппино-американская война, которая продлилась сорок один месяц. Этот военный конфликт остается самым малоизвестным в американской истории. За время войны Соединенные Штаты потеряли более четырех тысяч солдат. Филиппины потеряли в пять раз больше солдат. Кроме того, более ста тысяч гражданских лиц на островах умерли от голода и болезней. 4 июля 1902 года президент Теодор Рузвельт объявил об окончательной победе, и Филиппины стали американской территорией, хотя стычки и столкновения продолжались еще много лет. Жестокость американских солдат была вычеркнута из истории. Министр обороны в правительстве Рузвельта поздравил военных с завершением «гуманной войны», несмотря на «жестокие провокации» со стороны «коварного врага».
В последующие тридцать лет в Соединенные Штаты хлынул поток иммигрантов с Филиппин. Большая их часть осела в Калифорнии и на Гавайских островах. В то же время сформировались взаимовыгодные торговые отношения между двумя странами. Американцы особенно ценили твердую древесину — так Эрл Уолтер-старший оказался во главе лесозаготовительной компании на Минданао. Но для многих филиппинцев Соединенные Штаты так и не стали любимой родиной. Антифилиппинские настроения были очень сильны. На филиппинцев нападали, по закону они не имели права владеть землей. По законам западных штатов филиппинцам было запрещено вступать в браки с белыми женщинами. Экономические возможности ограничивались работой на полях, в сфере обслуживания, ручного труда, а также на фабриках и заводах.
Борьба за независимость на Филиппинах не прекращалась ни на минуту. В 1934 году президент Франклин Д. Рузвельт подписал закон о десятилетнем переходном периоде, в конце которого на Филиппинах должна была сформироваться демократия по американскому образцу. До этого времени иммиграция с островов жестко ограничивалась. Закон о репатриации вынудил многих филиппинцев, живших в Соединенных Штатах, вернуться на острова.
А потом наступило 8 декабря 1941 года. Через день после Перл-Харбора Япония совершила неожиданное нападение на Филиппины с воздуха и моря. Центром вторжения был остров Лузон. Уступавшие в численности филиппинские и американские войска под командованием генерала Макартура быстро отступили на полуостров Батаан и остров Коррехидор на входе в Манильский залив. Окончательно американско-филиппинские войска сдались в апреле 1942 года. Именно тогда полковник Рэй Элсмор помог Макартуру бежать в Австралию, где и разрабатывались планы войны за Филиппины. Остальным американцам и филиппинцам повезло меньше. Им пришлось пережить марш смерти на Батаане и все ужасы оккупации.
Известие о нападениях на Перл-Харбор и Филиппины пробудили в филиппинцах, живших в Соединенных Штатах, чувство глубокого патриотизма. Все хотели сражаться с японцами. К тому времени на Гавайях и в самих Соединенных Штатах жило более ста тысяч филиппинцев. Но они находились в странном положении. Юридически они являлись резидентами США, но не имели гражданства, а, следовательно, не могли быть призваны в армию и не могли вступить в нее добровольно.
Многие из них через своих представителей в Вашингтоне обратились с письмами к президенту Рузвельту, министру обороны и членам Конгресса, требуя предоставить им право сражаться. Кое-кто хотел пойти в армию из практических соображений, чтобы после войны воспользоваться преимуществами и льготами ветеранов. Но большей частью филиппинцев двигало чувство мести. Да, конечно, американская база в Перл-Харборе была атакована японцами с воздуха. Но Филиппины-то были захвачены!
Один филиппинский доброволец, как рекрут в годы революционной войны, заявил: «Жизнь — это самое малое, чем можно рискнуть в войне за освобождение страны от… грязного, бесчестного, варварского, бесчеловечного врага».
Через несколько недель после японского вторжения Рузвельт подписал закон, который позволял филиппинцам вступать в американскую армию. Был создан Первый филиппинский батальон. Его предполагалось использовать в войне за возвращение островов. К маю 1942 года более двух тысяч филиппинцев добровольно вступили в американскую армию. Добровольцев было столько, что батальон пришлось реформировать в Первый филиппинский полк. Вскоре после этого был создан Второй филиппинский полк. В двух полках служило более семи тысяч филиппинцев. Рузвельт по достоинству вознаградил их патриотизм — солдаты филиппинского происхождения получили гражданство. После этого присягу приняли еще несколько тысяч человек.