Отапливали дворец множество печей круглой или квадратной формы, украшенных цветными изразцами. В верхние покои тепло поступало по специальным трубам. В спальных покоях стены были обиты разноцветным сукном. Окна в зимнее время закрывали специальными утепленными ставнями из зеленого, вишневого или разноцветного сукна. Для красоты во многие окна вставляли рамы с разноцветными стеклами, которые изготавливались в Новгороде.
Необычайное впечатление производили крыши дворца — над разными помещениями разной формы: шатровой, бочковой или скирдовой. Трубы были узорчатые из обливных изразцов. Украшением крыш служили также башни и башенки с вызолоченными орлами, единорогами, львами вместо флюгеров. Очень красивы были карнизы с каменной резьбой в виде птиц, зверей и сказочных существ.
Еще одним новшеством стали башенные часы. Их установили в деревянных шатрах над тремя воротами: Фроловскими, Ризположенскими и Водяными. Имелись часы и на служебных помещениях дворца. Придворные должны были знать точное время, ведь жизнь царствующей четы проходила по четкому распорядку.
В конце XVI века в Кремле появляются Набережные сады. Возможно, на их месте существовали когда-то огороды для выращивания овощей к царскому столу, но плодовых деревьев не было. Можно предположить, что именно по указанию Ирины здесь разбили настоящие сады с заморскими растениями: яблонями, грушами, сливами и т. д. В них было хорошо прогуливаться в летнюю жару, а весной любоваться буйным цветением деревьев. Благодаря заботам царицы они стали красивейшим местом Кремля. Более обширные царские сады располагались на другой стороне Москвы-реки, напротив Китай-города. Они имели не столько декоративное, сколько хозяйственное назначение.
Федор и Ирина были исключительно богомольными и благочестивыми людьми, вместе занимались церковным строительством. После успешной обороны Москвы от крымцев был основан Донской монастырь с каменным шатровым храмом внутри. На Арбате возведена церковь Николы Явленного. Супруги пожертвовали большие суммы на сооружение каменных храмов в Троице-Сергиевом монастыре (Успенский собор, схожий с Кремлевским) и Пафнутьевском Боровском.
В подарок любимой жене царь Федор построил красивый каменный храм в Вознесенском монастыре. Вызолоченные купола кремлевских соборов придавали всему ансамблю очень нарядный вид.
Однако далеко не вся знать была довольна добрыми отношениями между супругами и тем, что в управлении державой играют большую роль Годуновы. Особенно злобствовали князья Шуйские, считавшие себя самыми родовитыми людьми государства. Единственным поводом для смещения ненавистных Годуновых могло стать бесплодие Ирины.
На самом деле царица часто была беременна, но дети либо рождались недоношенными, либо погибали во время родов. Одной из причин этого могло стать отсутствие квалифицированной медицинской помощи. Обычно роды проходили в мыльне в присутствии повивальной бабки. При каких-либо осложнениях помощи ждать было неоткуда.
Осенью 1586 года князья Шуйские решили открыто выступить против Ирины и заставить царя Федора развестись с ней «чадородия ради». Им удалось привлечь на свою сторону митрополита Дионисия и московских купцов. Сообща написали челобитие и публично передали царю. Однако реакция всегда спокойного и доброжелательного Федора поразила всех. В гневе он повелел жестоко наказать тех, кто осмелился вмешаться в его семейные дела. Главные противники Ирины, А. И. и И. П. Шуйские, были отправлены в ссылку, где вскоре умерли по непонятным причинам. Дионисия лишили сана и сослали в Хутынский монастырь, купцам публично отсекли головы.
Все это свидетельствовало о безмерной любви царя Федора к своей супруге. С ней он не собирался расставаться ни под каким предлогом и мог наказать всякого, попытавшегося выступить против нее. После челобитной Шуйских уже никто не осмеливался критиковать царицу или ее родственников.
Как уже говорилось, Федор и Ирина были исключительно богомольными и милостивыми людьми. Поэтому восточные православные иерархи зачастили в Москву за щедрыми пожалованьями. Видя их нищету, супруги стали понимать, что русский митрополит по своему положению и богатству много выше константинопольского патриарха, от которого он формально считался зависимым. Несомненно, следовало сделать все возможное, чтобы поднять престиж Русской Церкви на подобающую ей высоту.
На заседании Боярской думы царь Федор прямо заявил, что хочет ввести в Русском государстве патриаршество. Для того чтобы эта акция приобрела законный характер, в Москву был приглашен константинопольский патриарх Иеремия. Переговоры с ним продолжались достаточно долго, и вел их брат Ирины Борис Годунов с дьяком Посольского приказа А. Щелкаловым. Наконец в январе 1589 года первым русским патриархом был провозглашен Иов, бывший до этого митрополитом.