В воротах монастыря Иова и бояр встретил Борис Годунов. Увидев чудотворную икону, он воскликнул: «Зачем, о царица, ты такой подвиг сотворила, придя ко мне?» На это Иов сурово ответил, что Богоматерь пришла исполнить волю сына своего Христа. Все вместе они отправились в келью Ирины-Александры. Там Иов заявил, что Борис — не только народный, но и Божий избранник. Недаром Владимирская Богоматерь позволила принести свой образ в монастырь.
Монахине-царице ничего не оставалось, как воскликнуть: «Против воли Бога кто может стоять?!» Подозвав брага, она торжественно благословила его на царство. Эта акция официально узаконила решение Земского собора.
С этого времени Б. Ф. Годунов стал считаться нареченным царем. Окончательно вступить в свои права монарха он должен был после венчания в Успенском соборе.
Участники крестного хода надеялись, что новый государь тут же отправится в Кремль, но Борис и на этот раз побоялся покинуть монастырь. Жизнь рядом с сестрой, пользовавшейся всеобщей любовью, казалась ему более спокойной и надежной.
Только 25 февраля он решился въехать в столицу, чтобы посмотреть, как его будут приветствовать подданные. Хотя первая встреча оказалась торжественной, радостной и теплой, новый царь обосновался в Москве лишь 1 апреля. До этого он снова и снова выслушивал советы и наставления сестры, имевшей богатый опыт управления великой державой, и зорко следил за ситуацией в столице. Но все было спокойно.
Летописцы отметили, что даже после воцарения Борис Годунов очень часто отправлялся в Новодевичий монастырь для бесед с мудрой сестрой-монахиней. Ее мнение оставалось наиважнейшим для него.
Вскоре по указанию нового царя для инокини Александры построили каменные палаты с маленькой домовой церковью Амвросия (ныне эти палаты носят название Ирининых). Здесь бывшая царица проводила большую часть времени. Но по церковным праздникам она шла в большой Смоленский собор, похожий на Успенский в Кремле, и там участвовала в службе.
Следует отметить, что Ирина была не единственной очень знатной особой, принявшей постриг. Уже несколько десятилетий в Новодевичьем монастыре жила вдова царевича Ивана Елена-Александра Шереметева, с ней у царицы, несомненно, сложились самые дружеские отношения.
В этом же монастыре жила некая Анфиса Годунова, после смерти которой были сделаны очень щедрые вклады: 300 рублей, образ Богоматери в ценном окладе, серебряное кадило, золотой стихарь. Можно предположить, что речь идет о члене царской семьи.
В целом Новодевичий монастырь считался элитным, в него постригались многие женщины знатных родов.
Одновременно с бывшей царицей в нем жили и боярыни: княгини Евдокия, Елена и Марфа Мещерские, Евдокия Шереметева. Александра Пронская, Феодора Ростовская, Евпраксия Плещеева, Фетинья Шестова (видимо, мать Ксении Ивановны Шестовой, матери будущего царя Михаила Федоровича Романова) и другие.
Для достойного содержания сестры царь Борис посылал ежегодно более 300 рублей, дрова, соль, рыбу в бочках, воск, просвиры, жаловал села с крестьянами. Поэтому благодаря своей знатной монахине обитель существенно обогатилась.
Делали вклады и другие родственники. Они навещали Ирину-Александру и советовались с ней по самым разным вопросам. Для всех она оставалась самым авторитетным судьей и наставницей. Ведь почти четырнадцать лет эта женщина была соправительницей всеми любимого и уважаемого царя Федора, вызывавшего у современников самые лучшие воспоминания.
В сравнении с ним новый царь существенно проигрывал. Многим он казался чересчур властолюбивым, чванливым, подозрительным и слишком любящим все иностранное.
Ирина-Александра, видимо, догадывалась, что в делах управления государством у брата не все ладится, но вмешиваться уже не хотела. Размеренная и тихая монашеская жизнь позволяла предаваться печали по безвременно скончавшимся дочери и мужу, молиться, поститься, очищая душу перед тем, как навсегда покинуть этот мир. В конце концов, постоянное голодание и ночные бдения истощили ее плоть.
26 сентября 1603 года Ирина-Александра тихо скончалась, так и не узнав, что правление ее брата закончилось полным крахом. Для Бориса смерть сестры стала огромным горем не только потому, что он искренне ее любил.
Из уважения к бывшей царице многие представители знати и простые люди были готовы поддерживать непопулярного царя, но после ее кончины тонкая ниточка, связывавшая Бориса с подданными, окончательно порвалась. Этим умело воспользовался самозванец Гришка Отрепьев и через полтора года после кончины Ирины нанес смертельный удар по царствованию ее брата.
Похороны Ирины-Александры заставили всех москвичей надеть черные траурные одежды. В печальной процессии из Новодевичьего монастыря в Вознесенский приняли участие тысячи плачущих и скорбящих людей. После панихиды гроб с телом Ирины-Александры положили в царскую усыпальницу рядом с Анастасией, Марией Темрюковной и Марфой Собакиной.