Патриарх Иов, присутствовавший при последних часах Федора, подробно описал все, что происходило в царском дворце в ночь с 6 на 7 января. Тяжелобольной государь вдруг почувствовал, что смерть уже близка. К нему явился ангел в светлых одеждах и сообщил, что пора готовиться в последний путь. Федор не стал принимать иноческий чин, поскольку никаких тяжких грехов не совершал. Он лишь попросил окропить себя святой водой, помазать миром и причастить. Затем духовник принял его исповедь. Огорчало умирающего лишь то, что не оставил он после себя детей. Собравшимся боярам объявил, что вместо него будет править царица. Ирине было тридцать с небольшим лет, и она могла достаточно долго управлять государством.
Под утро глаза Федора закрылись навеки, словно он уснул сладким сном. Ему было только сорок лет.
После смерти царя патриарх и бояре отправились к царице с известием о печальном событии.
Едва живая от горя, Ирина получила возможность наконец-то проститься с горячо любимым супругом. Она упала на его бездыханное тело и начала громко рыдать и причитать: «О дорогой мой государь, свет мой преславный! Куда ты ушел? Как ты меня одну вдовой оставил? О солнце пресветлое, почто светозарные лучи свои сокрываешь? Цвет мой прекрасный, почто увядаешь? Сокровище живота моего, звезда златозарная, почто рано закатилась? О пастырь добрый, кому стадо свое вручаешь? Увы, мне, смиренной вдовице, без чад оставшейся. Почто я, убогая, прежде тебя не умерла? Ныне как я могу с тобой разлучиться? Вместе жили, вместе и умрем».
Обняв тело мужа, царица ни за что не хотела с ним расставаться. С трудом брат Борис поднял ее и отвел в терем. После этого вместе с патриархом Иовом он начал приводить бояр и служителей двора к присяге царице Ирине Федоровне. Никто не отказывался. Со слезами на глазах все давали клятву верности государыне.
Затем патриарх отправился в Успенский собор, чтобы отпеть по мертвому великий канон. В это время звонари начали бить в один из главных колоколов, извещая москвичей об утрате. Утром обширный царский двор наполнился горожанами, одетыми в знак скорби в черное. Все они рыдали и желали проститься с государем. Современники отметили, что раньше ни по одному царю так горько не скорбели.
Тем временем тело Федора обмыли и возложили на него царское одеяние. Для погребения был приготовлен деревянный гроб, обтянутый внутри вишневым бархатом, а сверху ярко-малиновым. Гроб с телом государя установили в Благовещенском соборе, где все могли с ним проститься. Денно и нощно стоящие рядом дьяконы читали псалмы.
Через день гроб отнесли в Архангельский собор. Во время траурного шествия Ирина едва могла передвигать ноги, охваченная великой скорбью. От судорожных стенаний и всхлипываний на губах ее появлялась кровавая пена. Рядом с ней громко рыдали и плакали все присутствующие. В храме состоялось сначала отпевание, а потом и погребение.
Деревянный гроб переложили в каменную гробницу, установленную в приделе Иоанна Лествичника, рядом с похороненными отцом и братом Федора. (Она находится там и поныне.) После погребения патриарх съел три ложки кутьи, затем поднес ее царице и всем присутствующим.
Ирина Федоровна долго не могла оправиться от непоправимой утраты, но обязанности царицы не позволяли ей только плакать и горевать. На третий день после смерти Федора ей пришлось позаботиться о поминальном столе для патриарха, духовенства и бояр. На нем главным блюдом была кутья из вареного пшена с медом, сахаром и ягодами. Через три недели надо было снова устраивать такой же поминальный стол. Чтобы Федора поминали по всем церквям и монастырям, туда также отправили кутью из пшеницы и сыту.
Всем участникам погребения выдали деньги: патриарху — 100 рублей, митрополитам — но 80, архиепископам и епископам — по 70 и 60 рублей, настоятелям монастырей — по 50, священникам — по 30 и т. д. Подьячие приготовили деньги для раздачи нищим: в бумагу заворачивали по рублю или по полтине и отдавали убогим у церквей. В монастырях инокам давали по 5 рублей, в богадельнях — по 2 рубля.
Местные власти занимались раздачами по всем городам.
Через сорок дней после царской смерти вновь были организованы поминки — «сорочины». Сначала вместе с патриархом и боярами Ирина присутствовала в Архангельском соборе на панихиде, потом в Столовой палате накормила всех поминальным обедом. Одновременно по ее приказу служители двора устроили обеды в монастырях и вновь раздавали нищим щедрую милостыню. На все эти мероприятия ушел годовой доход казны, но для любимого мужа царице ничего было не жалко. Шесть недель вся страна вместе с ней пребывала в трауре.
Первое время Ирина Федоровна, возможно, даже хотела остаться на престоле, а брат Борис попытался уговорить ее вновь выйти замуж за родственника какого-нибудь европейского монарха. Но очень скоро она поняла, чго бремя власти ей непосильно, а предложение о новом замужестве — совершенно неприемлемо.
Не желая быть игрушкой в руках властолюбивого брата, вдова решила постричься в монастырь и получить возможность без всяких помех предаваться своему горю.