Второй женой царя стала Елена Васильевна Глинская (1509—1538), в жилах которой текла литовская кровь. Ее дядя Александр бежал из Литвы в Россию. А это значило, что избранница царя происходила из рода беглецов и изменников, обесславивших себя на своей родине, в Литве. Факт весьма неприятный: великие князья обычно выбирали себе жен из славных боярских семейств или из уважаемых родов – королевских, царских – вне России. Современники писали, что царь Василий III страстно влюбился в молодую Елену Глинскую, чтобы нравиться ей, он решился на невиданное дело: стал молодиться и даже сбрил бороду, использовал косметические средства. Через два месяца после развода и пострижения Соломонии Сабуровой царь Василий III обвенчался с Еленой Глинской. (Ему было 48 лет, ей – 18.) Влюбленный в молодую жену царь не разглядел в ее свите ее прежнего любовника князя Ивана Федоровича Телепнева-Оболенского-Сабурова-Овчину (тот вскоре был возведен в знатные чины государства и, возможно, является отцом следующего царя – Ивана IV, родившегося в 1530 г.). Семь лет царь наслаждался жизнью с молодой женой, родившей ему сыновей Ивана и Юрия (первый стал затем царем Иваном Грозным). Судьба молодой царицы вряд ли была завидной. Только после смерти мужа она смогла, добавив еще почетных должностей И.Ф. Телепневу-Оболенскому, как бы узаконить его в роли своего практически официального фаворита, такое в великокняжеской семье случилось на Руси впервые. Е.В. Глинская, ее братья-князья и И.Ф. Телепнев-Оболенский после смерти Василия III стали управлять Москвой и Россией. Но судьба их всех сложилась плохо: Глинскую в 1538 г. отравили, Телепнева-Оболенского уморили в заточении голодом и т. д. Это была расплата за притворную любовь к царю и стремление к власти, наживе, богатству любыми средствами.
Любил приезжать в Покровский монастырь царь Иван Грозный, делавший в него богатые вклады, наделивший его льготами. Покровскому монастырю в конце ХVII в. принадлежали 7 тысяч крепостных; он (как и Спасо-Евфимиев монастырь) был крупнейшим феодалом Суздаля. Покровский монастырь стал местом пострижения для многих представительниц знатных боярских и княжеских родов, при этом нередко в нем постригались насильно или ссылались в него русские великие княгини, царицы и царевны, ставшие ссыльными инокинями и обычно похороненные в нем. Усыпальница монастыря хранит прах знатных инокинь, ставших жертвами влиятельных и даже первых лиц в государстве, в том числе Василия III, Ивана Грозного. При этом нужно особо отметить, что Василий III и Иван Грозный не столько ценили духовно-религиозные достоинства этого монастыря, сколько оценивали его как надежное место для содержания неугодных им женщин, насильно постриженных в монашество.
В 1923 г. Покровский монастырь закрыли, его ценности национализировали. После косметической реставрации монастырских построек в 1950—1960-е годы в них разместили музейные экспозиции. В 1980е годы в монастыре разместили туристско-гостиничный комплекс: построили деревянные одноэтажные высококомфортные домики со всеми удобствами для состоятельных и чаще всего иностранных неправославных туристов, коммерческий ресторан, а позже – коммерческую баню с парильней.