19 августа 1790 г. Баранов вышел в море на "Трех святителях" с грузом мехов на борту. Уж в пятый раз галиот шёл привычным курсом из Охотска в Кадьяк, но, принёсшее Шелихову удачу судно оказалось несчастным для нового правителя. "По выходе из Охотскаго порта, вскоре замечено было, что бочки с водою имели сильную течь; а потому выдача оной была уменьшена до четырех чарок на человека в сутки. 4 сентября Баранов прошел первым Курильским проливом, и хотя располагал следовать прямо в Кадьяк, но по недостатку воды, между людьми команды состоявшей из 52 человек, начали оказываться болезни. По сей причине он решился спуститься в Уналашку и 28 сентября стал на якорь в бухте Кошигинской.
Запасшись водою судно было готово к выходу 30-го числа; но ввечеру того же дня
сделался шторм, судно дрейфовало с якорей, прижало к берегу и удары об оный предвещали все ужасы кораблекрушения. Во время бурной и мрачной ночи, сильныя волны набегая одна за другою разсыпались по палубе; люки были сорваны и судно немедленно наполнилось водою. По среди такого разрушения, ничего не оставалось более как спасать людей. Поутру с отливом моря поспешно выгружали на берег, что можно, а с приливом должны были кончить работу. Шторм не утихал, и в ночи на 6 Октября судно совершенно разбилось. Компанейского груза спасено весьма немного, экипаж и пассажиры лишились всего бывшего с ними имущества. Никто не погиб, но половина людей побилась при высадке, спасая груз. Мореходы и работные тряслися от холода, сбившись вкруг костров, более дымных нежели теплющих. Сам Баранов, сильно расшибшийся о камень, не способен был стоять. Еле двигаясь он принялся готовиться к зимовке с запасом провизии в 4 бочонка ржаной муки, с 11-ю ружьями и малым бочонком пороху оружья и в той одеже, что была на людях. Но первым делом приказал просушить ту малую толику пушнины, что удалось спасти.*(1).
Тут фортуна, последнее время сурово с ним обходившаяся, решила смилостивиться.
На другой день по высадке Баранов отправил вдоль берега партию из трех работных под командой Александра Молева, дабы известить о несчастии и просить помощи. В 4 дня партовщики добрались до Капитанской гавани
Удач, как и беда, одна не ходит. На 2-й день по приходе партии Молева в гавань зашли "Св. Николай" и "Рейнджер". Правитель ван-Майер, устав дожидаться судна, решил идти в Охотск, а по дороге завернул на Уналашку, проведать, нет ли каких известий. Известия ж оказались самыми достоверными. В вечер другого дня оба судна прибыли в Кошигинскую бухту. Утром погрузили на борт людей и на всех парусах побежали обратно на Кадьяк".
Ещё через два дня потерпевшие кораблекрушение высадились в гавани, названой в честь их погибшего судна.
"св. Николай" и "Рейнджер", даже не освежив запасов воды, ушли в Макао, а Баранов, ещё лежачий, начал принимать дела у Деларова. В его подчинение переходило по описи: 6 крепостей, 7 поселений, 338 промышленных, 764 аманатов и каюров*(2) и более 9 тыс. конягов и алеутов.
Встав на ноги и как следует оглядевшись, новый правитель понял "сколь тяжкую ношу взвалила судьба на его плечи". Он полностью разделял взгляды Шелихова-"открытые новые земли- есть продолжение земли российской", да и планы расширения и освоения новых рубежей, составленные ван-Майером, были ему по душе. Но одно дело предполагать и планировать, другое- тяжкое бремя чёрной работы, "кто не знает, что легче предписывать, чем исполнять?" Кроме того Шелихов и ван-Майер, как главные пайщики, могли позволить себе некоторые отвлечения. Главная же задача Баранова, как управляющего, состояла в исправной поставке должного количества мехов.
Начинать следовало с дисциплины. За последнее время работные распустились. Якоб, которого после судилища в 1787 году крепко побаивались, бывал на Кадьяке наездами, а Деларов был слабоват в кулаке для управления буйной братвой. Баранов когда уговорами, когда жёстким давлением отрегулировал дела житейские. Конфисковал игральные карты. Сам не дурак выпить, строго распорядился: "Пить только на досуге- по воскресеньям и праздникам". Не имея возможности удержать работных от сожительства с алеутками, приказал: "Прижив детей, оных воспитывать".
Второй, по срочности, задачей встал вопрос о переносе главной конторы. Лес вокруг поселения был сведён подчистую и за топливом приходилось отправлять людей за многие вёрсты. После землетрясения 1788 г. берег осел и подмытые волнами защитные валы у гавани грозили вот-вот рухнуть. На примирённом уже Кадьяке это было не столь важно, однако в новых условиях гавань не давала судам надёжного убежища, особенно при западном шторме.
В своей инструкции Якоб ван-Майер рекомендовал перенести главную контору на остров Ситха, но этот проект требовал задействовать по меньшей мере два судна и до 200 работных и охотников, а значит резкое падение добычи. Пойти на такое в первый год своего правления Баранов не мог.