Лишившись выхода в Чугацкий залив и не имея подвоза товаров из Охотска, лебедевцы, похоже, начали пополнять свои запасы пушнины обыкновенным грабежом окрестных кенайских стойбищ. В итоге в марте-апреле 1798 г. "кинайские народы от жестокостей их збунтовались". Артель Токмакова на Илямне и посёлок в бухте Туюнак были вырезаны поголовно - погибло "21 или ещо чтобы не более из богословской компании", не считая служивших у них туземцев. Степан Зайков оказался осаждён в Николаевской крепости. Индейцы готовились уже поджечь укрепления, когда вдруг, в самый последний момент, удивительно вовремя явился на выручку шелиховец Василий Малахов с хорошо вооружённым отрядом. Спасённый Зайков тотчас объявил о своём намерении выйти с партией в Охотск, уступив гавань и заселение своему спасителю. На редкость своевременный приход Малахова и поспешная передача ему Зайковым крепости выглядят слишком счастливым совпадением, чтобы быть просто случайностью. Стоит учесть и то, что Баранов ожидал ухода Зайкова с нескрываемым нетерпением. Он вполне мог решить "поторопить" партию Зайкова с помощью враждебных ему кенайцев, возложив эту задачу на Василия Малахова.*(4)
Зайков и с ним 13 человек покинули Кенайский залив в мае 1798 г. Его "Иоанн Богослов", отремонтированный с помощью шелиховцев, оказался единственным лебедевским судном, вернувшимся из Америки в Охотск. "Св. Георгий" по своей ветхости был брошен Коноваловым в Нижне-Камчатске. Из более, чем 200 промышленных в Россию вернулось не более 80. Супруга главы компании, Анна Лебедева-Ласточкина, сообщала, что в Америке погибло 150 её работных людей.
После ухода лебедевцев Баранову досталось нелёгкое наследство - в стране кенайцев полыхала война. Поражение лебедевцев и гибель части из них не могло не затронуть тех индейцев, что были связаны с ними родством и торговлей и выступали на их стороне в боях. Неизбежно должно было произойти столкновение их с группами "шелиховской ориентации". Война, усугублённая кровной местью, долго не утихала. Баранов и Малахов расценивали действия бывших лебедевских союзников, как "бунт". Фёдору Острогину и Василию Малахову приходилось нелегко. Трижды "открывался заговор на истребление во всех тамо в занятиях обитающих русских наших с кадьякцами во услугах находящихся". Под угрозой оказались занятые шелиховцами лебедевские поселения. Волнения продолжались и в 1799 г. одним из предводителей враждебных кенайцев был тойон из селения близ Александровской крепости, которое русские называли Иванушкиным жилом. Собрав воинов из окрестных стойбищ, этот вождь намеревался разгромить русское заселение и уже назначил дату общего нападения на форт - 29 июня 1799 г. Крепость спасла случайность: "В самой тот день поутру приказал Малахов очистить старые заряды выстрелами их тяжкой и лехкой артилерии в честь высочайшаго тезоимянитства его императорскаго величества. И тогда услышали (кенайцы) пушечные и ружейные выстрелы (и) сочли, что Малахов узнал их намерение, а потому и оставили (его) до удобнаго времени". Тотчас вслед за тем дружественно расположенный индеец раскрыл русским тайну заговора. Призвав к себе мятежного вождя, Малахов допросил его, добился признания и выдачи имён сообщников, после чего заковал пленника в кандалы и выслал его на Кадьяк. Вожди, не участвовавшие в заговоре, радовались падению влиятельного соперника и даже просили русских "отделить его навсегда от места пребываний".
Шелиховскую артель на Илямне вскоре постигла судьба предшествовавшей ей лебедевской. Да и сам Баранов, побывав в Кенайском заливе в июле 1799 г., обнаружил, что там "осталось ещё много по отдаленным местам вкоренившихся к варварству и грабежу склонностей, удачею окураженных". Однако стычки в кенайских лесах уже не могли изменить главного - шелиховская компания избавилась от опасного конкурента и теперь являлась единственной и полновластной хозяйкой богатств юго-восточной Аляски, что и получило официальное подтверждение при создании в 1799 г. на её базе новой, обладающей государственными привилегиями, монопольной "Российско-Американской компании".
Взаимоотношения с другим кокурентом, компанией иркутян Киселёвых, были более цивилизовнные и даже не исключали взаимопомощи. Например в 1797г., когда умер штурман Кожевин с киселевского "св.Зосимы и Савватия", а экипаж заблудился и выбросился на остров Афогнак. На просьбу приказчика Василия Кожина ссудить морехода, Баранов не смог предложить ему никого, кроме "учащегося навигации служителя Филиппа Кашеварова". Но невысоко оценивая его мореходные навыки, внёс в текст договора особый пункт: "Ежели случится в мореплавании с тем Кашеваровым несчасное приключение и на Лисью гряду не попадёт, в том нам на вас г. Баранов, ни на него, Кашеварова, не претендовать и ничего никогда не искать". Кашеваров не подвёл своего учителя, капитана Шильца, и привёл "Зосиму и Савватия" прямиком на Уналашку, честно заработав обещанные 200 руб.