Неконтактный датчик массой 0,8 кг состоял из 4 полупроводниковых лазеров, образующих восьмилучевую диаграмму направленности перпендикулярно продольной оси ракеты. Отраженный от цели сигнал лазера принимался фотоприемниками. Дальность уверенного срабатывания составляла 5 м, надежного несрабатывания - 15 м. Неконтактный датчик взводился по радиокомандам за 1 км до встречи ЗУР с целью, а при стрельбе ракетой по наземным целям отключался перед стартом.
Бортовая аппаратура ЗУР включала в себя антенноволно- водную систему, электронный блок, гироскопический координатор, блок рулевого привода, трассер, блок питания.
В ракете было применено пассивное аэродинамическое демпфирование планера ЗУР в полете, что обеспечивалось коррекцией контура управления при передаче команд на ракету от вычислительной системы боевой машины. Это позволяло получить достаточную точность наведения, уменьшить вес и габариты бортовой аппаратуры и ЗУР в целом.
Длина ракеты составляла 2,56 м, диаметр - 0,15 м.
Станция обнаружения целей (СОЦ) боевой машины комплекса «Тунгуска» представляла собой когерентно-импульсную РЛС кругового обзора дециметрового диапазона волн. Высокая стабильность частоты передатчика, выполненного в виде задающего генератора и усилительной цепочки, применение фильтровой схемы селекции движущихся целей обеспечивали высокий коэффициент подавления отражений от местных предметов (30-40 дБ), что позволяло производить обнаружение целей на фоне интенсивных отражений от подстилающей поверхности и в пассивных помехах.
Станция сопровождения цели (ССЦ) представляла собой когерентно-импульсную РЛС сантиметрового диапазона с двух- канальной системой сопровождения по угловым координатам и с фильтровыми схемами селекции движущихся целей в каналах автодальномера и углового автосопровождения. Коэффициент подавления пассивных помех и отражений от местных предметов составлял 20-25 дБ. Станция осуществляла переход на автосопровождение в режимах целеуказания и секторного поиска цели. Сектор поиска составлял 120° по азимуту и 0-15° по углу места.
Обе станции успешно обнаруживали и сопровождали низколетящие и зависающие вертолеты. Дальность обнаружения вертолета, летящего со скоростью 50 м/с на высоте 15 м с вероятностью 0,5 составляла 16-17 км, дальность перехода на автосопровождение - 11-16 км. Зависающий вертолет выявлялся станцией обнаружения по доплеровскому смещению частоты от вращающегося винта и брался на автосопровождение по трем координатам станцией сопровождения целей.
Станции имели схемные средства защиты от активных помех, а также способность сопровождения цели в помехах за счет комбинаций в использовании радиолокационных и оптических средств боевой машины. За счет этих комбинаций, разноса рабочих частот станций, регламентированной по времени или одновременной работы на близких частотах нескольких (удаленных друг от друга на расстояние более 200 м) боевых машин в составе батареи могла обеспечиваться надежная защита от противорадиолокационных ракет типа «Шрайк» или «Стандарт АРМ».
Функционирование боевой машины 2С6 осуществлялось в основном автономно, но не исключалась и работа в системе управления средствами ПВО сухопутных войск.
После поиска, обнаружения и опознавания цели станция сопровождения переходила на ее автосопровождение по всем координатам.
При стрельбе зенитными пушками цифровая вычислительная система решала задачу встречи снаряда с целью и определяла зону поражения по данным, поступающим с выходных валов антенны станции сопровождения, из блока выделения сигналов ошибок по угловым координатам и с дальномера, а также из системы измерения углов качек и курса боевой машины. В случае постановки противником интенсивных помех станции сопровождения по каналу измерения дальности (автодальномера) осуществлялся переход на ручное сопровождение цели по дальности, а при невозможности даже ручного сопровождения - на сопровождение цели по дальности от станции обнаружения или на ее инерционное сопровождение. При постановке интенсивных помех станции сопровождения по угловым каналам сопровождение цели по азимуту и углу места осуществлялось оптическим прицелом, а при отсутствии видимости - инерционно (от цифровой вычислительной системы).
При стрельбе ракетами применялось сопровождение цели по угловым координатам с помощью оптического прицела. После пуска ЗУР попадала в поле зрения оптического пеленгатора аппаратуры выделения координат ракеты. По световому сигналу от трассера ракеты в аппаратуре вырабатывались угловые координаты ЗУР относительно линии визирования цели, которые поступали в вычислительную систему. Она вырабатывала команды управления ЗУР, поступающие в шифратор, где они кодировались в импульсные посылки и через передатчик станции сопровождения передавались на ракету.