Параллельно с занятиями общественными вопросами шла научная деятельность Кондорсе, которая состояла главным образом в отправлении обязанностей секретаря Академии наук; эту должность он занимал, как мы уже говорили, с 1775 года. С этого времени Кондорсе никогда не мог всецело отдаться математике, но никогда также совершенно не прерывал своей связи с наукой. Всю жизнь он с большим рвением следил за успехами наук математических и физических и, продолжая с любовью заниматься приложением математики к сложным явлениям общественной жизни, применил теорию вероятностей к некоторым задачам избирательного устройства. В занятиях науками Кондорсе всегда видел средство сохранить свежесть своего ума; сверх того, он придавал, как мы знаем, этим занятиям большое образовательное значение.
К первым академическим трудам Кондорсе относят неизданную записку «О лучшем устройстве ученых обществ»; она была написана для испанского правительства. В этой записке замечательно хорошо выражена мысль, что при выборе академиков не следует обращать внимания на различие вероисповедания; Кондорсе говорит: «Если бы академия состояла из атеиста Аристотеля, из брамина Пифагора, мусульманина Алхизена, католика Декарта, янсениста Паскаля, ультрамонтана Коссини, кальвиниста Гюйгенса, англиканца Бэкона, арианина Ньютона и деиста Лейбница, то, надеюсь, это была бы не плохая академия!»
Итак, Кондорсе, едва вступив в Академию наук, обнаружил веротерпимость и свободомыслие, которые не всеми членами академии были встречены дружелюбно. В Академии наук, как всегда и везде, существовали различные партии, и против Кондорсе и Д’Аламбера всегда выступала партия Бюффона.
В той же записке Кондорсе восстает, между прочим, против допущения иностранцев в академию. Это поражает с первого взгляда, но находит себе оправдание в том, что в то время французское правительство слишком усердно осыпало своими милостями посредственных иностранцев, и нередко в ущерб своим гениальным согражданам.
Фонтенель, первый секретарь Академии наук, сообщил этой должности такой блеск, что по смерти его долгое время никто не решался принять ее на себя. Гран-Фуши занимал это место более тридцати лет, до вступления Кондорсе в Академию. Дряхлость и старость Фуши принуждали его искать себе помощника; последнему приходилось вместе с тем сделаться и преемником Фуши, поэтому большая часть членов Академии, по внушению Бюффона, восстала против назначения Кондорсе помощником; Бюффон настаивал на кандидатуре астронома Бальи. Скромный Кондорсе, выбранный благодаря влиянию Д’Аламбера, своими трудами захотел оправдать отданное ему предпочтение.
По уставу Академии, изданному еще в 1644 году, обязанность непременного секретаря включала, между прочим, оценку заслуг умерших академиков. Фонтенель написал большое число биографий, но далеко не исчерпал всего накопившегося материала. Академики, умершие между 1666 и 1699 годами, не имели биографий. Этот большой и важный пробел взялся восполнить Кондорсе; он написал Биографии Гюйгенса, Роберваля, Пикара, Мариотта, Рёмера и других. Эти труды, требующие глубоких и разнообразных знаний, отличались вескими достоинствами, как внутренними, так и внешними. Сам же Кондорсе писал о них Тюрго: «Если бы я прибавил к биографиям немного блесток, то они более бы нравились, но природа совершенно лишила меня способности составлять ряды из слов, которые „нейдут к делу“.»
Биографии, написанные Кондорсе, ставили очень высоко люди, имевшие понятие о том, с каким трудом сопряжена и какого глубокого знания предмета требует надлежащая оценка научных заслуг замечательного человека. Вольтер, Д’Аламбер, Лагранж всегда отзывались о них с великим уважением. Д’Аламбер писал Лагранжу: «Кондорсе заслужил место секретаря Академии наук своими похвальными речами академикам, умершим после 1699 года. Они имеют у нас большой успех». Вольтер сказал Кондорсе: «Ваш сборник – драгоценный памятник. Вы везде являетесь хозяином своего предмета, но хозяином скромным и ласковым».