Наибольший успех кальвинизм имел на юге и юго-западе Франции и в соседней с Францией Наварре. Король Наварры Антуан Бурбон стал одним из вождей партии гугенотов. Особенно охотно принимало кальвинизм дворянство, в среде которого чисто религиозные устремления переплетались с политическими целями и социальными идеалами. Кальвинистские представления представлялись удобным средством для возвращения феодальному дворянству политических прав и привилегий, утраченных ими за предыдущее столетие. Ослабление королевской власти при сыновьях Генриха II благоприятствовало политическим притязаниям феодальной аристократии и борьба за религиозную свободу слилась с борьбой за власть. С переходом гугенотов к политическим целям принципы кальвинистской организации были использованы в партийном строительстве. Особенно активно эта работа шла после Варфоломеевской ночи (1572). На юге и западе Франции гугеноты находят поддержку в сепаратистских устремлениях части дворянства и горожан и создают федерацию областей с представительными учреждениями. Целый ряд талантливых публицистов и историков (Франсуа Отман, Агриппа д'Обинье и др.) развивает с применением кальвинистских идей республиканские и конституционные теории, доказывают исконность представительных учреждений во Франции. Своего короля Генриха Наваррского гугеноты воспринимали как конституционного государя. Гугеноты стали настолько мощны и хорошо организованы, что практически создали как бы королевство в королевстве. В связи с этим государство перешло от политики гонений 1538 - 1562гг. к политике религиозной войны. С 1562 по 1598гг. прошло восемь жестоких войн и погромов. Во время Варфоломеевской ночи только в Париже было убито примерно 2 тысячи человек, а в общей сложности было уничтожено свыше 20 тысяч человек.
Политическая организация гугенотов была признана Нантским эдиктом 1598г., хотя и поставлена под контроль комиссаров короля. Гугенотам разрешалось иметь войска в нескольких из 200 городов, находящихся под их властью. После падения гугенотской цитадели Ла-Рошель в 1628г. и издания "эдикта милости" 1629г. интересы политических партий и гугенотов начинают расходиться. Постепенно разрушается политическая организация гугенотов. В правление кардиналов Ришелье и Мазарини кальвинисты пользовались свободой своего вероисповедания и богослужения практически беспрепятственно. Новая стадия противостояния католицизма и протестантизма во Франции начнется во второй половине 17в. Людовик XIV в 1685г. начинает новые преследования протестантов. Примерно 400 тысяч гугенотов были вынуждены бежать в Англию, Пруссию, Голландию, Южную Африку и на Каролинские острова в Северную Америку. Большинство этих людей были выходцами из ремесленных и торговых кругов и их бегство было достаточно серьезным ударом по экономике Франции. С этого времени реформатский протестантизм не играл большой роли во Франции и протестанты составляли меньшинство ее населения.