В 50-х годах 16в. кальвинизм начинает распространяться в Шотландии. Во время регентства Марии Гиз, правившей при малолетней дочери Марии Стюарт, в среде дворянства сформировалась политическая оппозиция против династии Стюартов. Эти группировки начинают активно использовать кальвинистские идеи и принципы организации кальвинистской общины. С самого начала вождем протестантов становится Джон Нокс (1515 - 1572). Он получил образование в университете святого Андрея и был рукоположен в священство в 1536г. Вскоре стал последователем одного из первых шотландских протестантов Георга Висхарта (1513 - 1546) и проповедовал солдатам в гарнизоне св. Андрея. Попал в плен к французам и 19 месяцев провел гребцом на галерах, пока не был освобожден при обмене пленников. Английские король Эдуард VI предложил ему епископство в Рочестере, но Нокс отказался и стал королевским капелланом. Потерпев поражение в борьбе против католицизма в Англии и Шотландии, он несколько лет провел в эмиграции и в Женеве сблизился с Ж. Кальвином, который стал для него "выдающимся слугой Бога". Возвратившись в 1559г. на родину, он возглавил шотландских протестантов. Человек энергичный, похожий в чем-то своим характером на своего учителя, великолепный оратор, он очень быстро приобрел популярность в Шотландии. В своих проповедях он беспощадно бичевал "идолослужение" королевского двора. С его помощью в рядах аристократической оппозиции появилась так называемая "Христова конгрегация", в которой выдвигалось требование к регентше ввести "божественную форму первоначальной церкви". После отказа регентши началось иконоборческое движение, сопровождавшееся разрушением монастырей (1559). Регентша была низложена. Во время этой борьбы Нокс доказывал цитатами из Ветхого Завета, что низложение нечестивых государей угодно Богу. В 1558г. он опубликовал трактат "Первый удар трубы чудовищного правления женщин", в котором утверждал, что иметь женщину правителем противоречит природе, Богу и Слову Божьему, поскольку означает "подрывание доброго порядка, всей справедливости и равенства". Теоретическая деятельность Д. Нокса была связана с разработкой преимущественно в духе кальвинизма богословских вопросов, новой редакции Псалтири. Он был автором капитальной "Истории реформации в Шотландии", вышедшей в свет уже после его смерти (1587). Джон Нокс и шотландские кальвинисты большое внимание уделяли различным социально-политическим вопросам. Он высказал мысль о народной воле как источнике гражданской власти, обосновывал необходимость ограничения полномочий монарха и правомерность сопротивления тирании. Его идеи окажут большое влияние на радикальные слои английских пуритан.
В 1560г. постановлением парламента была проведена секуляризация церковных земель, большая часть которых досталась дворянству. "Шесть Иоаннов" (Нокс и пять других людей по имени Джон) за одну неделю составили так называемое "Шотландское исповедание веры", которое оставалось основным шотландским исповеданием до принятия Вестминстерского исповедания в 1647г. Позже были составлены первая "Книга наставлений" и в 1561г. "Книга общего порядка". В итоге в Шотландии был введен кальвинизм под названием пресвитерианской церкви. Новая церковь имела синодальную организацию. Священники в ней избирались, но не народом непосредственно, а церковными советами и пользовались большим авторитетом. После возвращения в 1561г. из Франции Марии Стюарт возобновилась борьба с католиками. Мария стала поддерживать католическое богослужение и не исполняла суровые законы против католиков, изданные в ее отсутствие. После низложения Марии Стюарт пресвитерианство снова восторжествовало. Наследник престола, будущий шотландский король Яков VI и английский Яков I, был отдан на воспитание кальвинистскому публицисту и историку Джорджу Бьюкенену (1506 - 1582). В 17в. Яков I и Карл I , правившие одновременно в Англии и Шотландии, пытались ввести в Шотландии англиканскую церковь, с саном епископа и изменениями в культе. Результатом этих попыток стало восстание, слившееся с английской революцией. Косвенным образом шотландская Реформация повлияла на Америку, т. к. Многие шотландские пресвитериане в начале 17в. эмигрировали в Северную Ирландию, а оттуда в первой половине 18в. 2 тысячи человек эмигрировали в Америку.