Кальвин утверждал, что есть конкретные библейские указания относительно правильного порядка служения, поэтому конкретная форма церковного порядка стала особым пунктом его доктрины. Он начинает разрабатывать конкретную форму церковного управления и для этой цели заимствует из сферы светского государства слово "administratio". В результате минимальное определение церкви начинает расширяться. Для того, чтобы правильно проповедовалось Евангелие и правильно совершались обряды таинств, необходим, по словам Кальвина, "порядок, которым Христос желал, чтобы Его Церковь управлялась". Кальвин разрабатывает подробную теорию церковного управления, базирующуюся на экзегезе Нового Завета и во многом основанной на терминологии римской императорской администрации. В противоположность тому, что говорили и писали радикалы, Кальвин настаивает на том, что конкретная форма церковной структуры и управления изложена в Писании. Так, Кальвин утверждал, что пастырское управление Церковью является Божественно освященным, как и разграничение понятий "пастырь", "старейшина", "диакон" и "народ".
Таким образом, Кальвин закладывает, по сути, основания нового отношения к церкви. Если Лютер определил церковь по ее отношению к проповеди Слова Божьего, называл ее "собрание святых"(congregatio sanctorum) и "общение веры и Духа Святого в сердцах" (societas fidei et spiritus sancti in cordibus), то Кальвин, сохраняя акцент на важности проповеди Слова Божьего, начинает разрабатывать конкретные формы новой церковной организации. Его точка зрения была более конкретной и определенной, чем точка зрения Лютера. А результатом явилось то, что ко времени смерти Ж. Кальвина, новая реформаторская церковь стала таким же институтом общества, как и католическая церковь.
Сразу же после возвращения в Женеву из страсбургского изгнания Кальвин составил "Церковные установления" (Ordonnances ecclesiastiques, 1541). Убежденный в необходимости создания дисциплинированной, хорошо организованной церкви, Кальвин изложил подробные наставления, касающиеся различных аспектов ее жизни и деятельности.
Одним из наиболее важных пунктов этой программы является положение о консистории. Она была основана в 1542г. и состояла из 12 старейшин-мирян и пасторов ( 9 человек в 1542г. и 19 в 1564г.). Этот орган должен был собираться еженедельно по четвергам с целью поддержания церковной дисциплины. Вероятно, прообразом этого учреждения послужили магистратские матримониальные суды. Вначале консистория занималась прежде всего супружескими проблемами, решение которых считалось не столько юридической проблемой, сколько обязанностью пасторов. Вопросы церковной дисциплины на первых порах разрешались властями реформационных швейцарских городов. Это было связано с неоформленностью вначале самой церковной организации. Так, например, при преемнике Цвингли Генрихе Буллингере отлучение рассматривалось цюрихскими властями как гражданское дело, находящееся в компетенции магистрата, а не духовенства. Серьезные ограничения в полномочиях церковных органов имелись и в Базеле. Еще в 1530г. Иоанн Эколампадий спорил с городским советом Базеля о разграничении полномочий гражданских и церковных властей. Он предлагал учредить церковный суд, который бы рассматривал вопросы греха, а гражданские власти должны были рассматривать уголовные преступления. Совет не согласился на это нововведение и вопрос был отложен.
Тем не менее в 30-е годы вопрос о сугубо церковном суде стал широко дискутироваться. Мартин Буцер 19 октября 1530г. отверг эту идею, но уже через год, как это видно из письма Цвингли от 12 февраля 1531г., изменил свое мнение. Он предложил учредить такой церковный суд в г. Ульм. Он должен был состоять из мирян и пасторов и рассматривать сугубо церковные вопросы. Основание Мюнстерской коммуны в феврале 1534г. побудили власти Страсбурга пойти на учреждение такого органа. Он не стал сугубо церковным судом, но церковные вопросы стали в нем рассматриваться отдельно.
На Кальвина, таким образом, оказали влияние эти споры. Идеи Буцера, страсбургский опыт и взгляды Г. Фареля необходимо в этом плане отметить особо. "Церковные установления" предваряют статьи об организации женевской церкви, составленные совместно Кальвином и Фарелем. Это позволяет предположить, что в Страсбурге Кальвин особенно много занимался этой проблематикой.