Кальвин воспринимал консисторию как своеобразный "полицейский" инструмент по укреплению церковной дисциплины. Она должна была рассматривать дела тех, чьи религиозные взгляды настолько отличались от официальных, что представляло угрозу религиозному порядку в Женеве. Сначала консистория убеждала этих людей изменить свое поведение, а если убеждения не помогали, то применяла наказание в виде отлучения. Однако это было церковным, а не гражданским наказанием. Городской совет настоял, что "все это должно происходить таким образом, чтобы пасторы не имели гражданской власти, а использовали лишь духовное оружие Слова Божьего... и чтобы консистория не подменяла собой власть сеньора или обычное правосудие. Гражданская власть должна осуществляться беспрепятственно" (55, с.241).
По Кальвину, церковь наделена "духовной властью", но ее духовная власть ни в коем случае не посягает на область гражданской власти. Магистрат неподвластен церкви (117,р.1149-1150). Однако, и церковь неподвластна магистрату. "Церковь не имеет права мечом карать и сдерживать, не имеет власти принуждать, у нее нет ни тюрем, ни наказаний, которые применяет магистрат. Ее целью является не наказание грешника против его воли, а получение у него добровольного покаяния. Эти две функции являются совершенно разными вещами, поскольку ни Церковь не имеет права брать на себя функции магистрата, ни магистрат 0 то, что входит в компетенцию Церкви" (55, с.262). Данное обстоятельство позволяет выразить сомнение в том, что Кальвин пытался создать теократическое государство. Две власти, религиозная и светская, должны были дополнять друг друга, по крайней мере, теоретически. По крайне мере, такое мнение было уже однажды высказано: "фраза "кальвинская Женева" является глубоко ошибочной. Кальвин не был диктатором, правящим железной рукой населением Женевы. В течение большей части своего пребывания в городе он не был даже гражданином Женевы и, таким образом, был лишен доступа к политической власти. Он был лишь проповедником, который не мог диктовать свою волю правящему магистрату. В действительности городские власти до самого конца сохраняли за собой право изгнать Кальвина, даже если они и предпочли не воспользоваться им. Как член Консистории он мог, конечно, от имени священников делать представления в магистрат, однако эти представления часто игнорировались. В любом случае Кальвин не имел законного права действовать независимо от остальных священников, чье коллективное мнение он, как известно, ценил и уважал. Влияние Кальвина в Женеве, в конечном итоге, было основано не на официальной должности (которая была незначительной), а на его большом личном авторитете проповедника и пастора" (55, с.264).
Кальвин отчасти, как и Лютер, возлагал некоторые надежды на монархов и князей (особый интерес у него вызывал французский двор), но в целом монархи того времени относились к кальвинизму довольно враждебно. В таких условиях само существование кальвинистских групп зависело от сильной и дисциплинированной церковной организации. Усложнение церковных структур в значительной степени в тот период было связано с элементарным выживанием.
Были, однако, и другие основания для разработки организационных основ новой церкви. Кальвин особо ставит вопрос, зачем нужна церковь вообще? Церковь нужна и неизбежна, отвечает он. Точно также, как Бог искупил людей через воплощение, в рамках исторического (и это есть задача истории!) он освящает их, основав для этой цели особую организацию. Бог использует определенные земные средства, чтобы достичь спасения тех, кого он избрал. Сам он не связан этими средствами, но действует через них. Следовательно, церковь есть основанная Богом структура, в которой он освящает свой народ: "Я начну с Церкви, в лоно которой Бог собирает Своих детей не только для того, чтобы питать их помощью и проповедью, когда они еще младенцы и дети, но чтобы они находились под ее материнской заботой до возмужания и достижения цели своей веры. "Итак, что Бог сочетал, того человек да не разлучает" (Мк 10:9). Для тех, кому Бог является Отцом, Церковь является матерью" (55,с. 242). В качестве аргументов Кальвин приводит два высказывания Киприана Фасция Цецилиана Карфагенского(201-258):
"вы не можете иметь Отцом Бога, если вашей Матерью не является Церковь";
"Вне Церкви нет надежды на оставление грехов и спасение".
"Из простого слова "мать" мы узнаем, как важно нам знать ее. Нет другого пути к жизни, чем через мать, которая вынашивает нас в своей утробе, кормит нас своей грудью, опекает нас своей заботой и вниманием" (55, с.243).
Таким образом, для кальвинистов церковь является необходимым, полезным, Богоданным и Богоосвященным средством духовного роста и развития.