Сиамский король отрицал преследования, которым подвергся французский миссионер, свалив на губернатора всю ответственность за гнусное дело; и, чтобы смягчить гнев де Шомона, он отдал палача аббата на растерзание слонам. Прибыв в столицу дю Шель нашел там письмо от настоятеля иностранных миссий, в котором ему предлагали вернуться во Францию. Людовик XIV задумал тогда обнародовать указы, которые последовали за отменой Нантского эдикта. Отец Лашэз понял необходимость собрать во Францию всех аббатов, одаренных сильным умом и решительностью, дабы привести в исполнение это огромное предприятие. Аббат дю Шель, неоднократно доказавший свое мужество и рвение, не мог не привлечь к себе внимания королевского духовника. По своем прибытии во Францию, он был назначен надзирателем при жеводанских миссиях и севенским первосвященником.
Получив почти неограниченную власть, он выказал беспримерное рвение и деятельность. После долгих переговоров с де Бавилем, управителем Лангедока, и с де Брольи, который командовал войсками, он составил, если можно так выразиться, план духовного похода против фанатизма, как тогда называли протестантскую религию. Отмечены были различные епархии, более или менее зараженные кальвинизмом.
Попы каждого города, каждого местечка, каждой деревни должны были посылать первосвященнику тайные сообщения по поводу религиозных убеждений и направления своей паствы. Снабженный этими сведениями севенский владыка начал свое страшное посланничество. Пользуясь неограниченной властью, он отставлял тех священников, рвение которых ему казалось недостаточно горячим. В епархиях, где не было монастырей, он устроил, под управлением монахинь и монахов, им самим избранных, школы, предназначенные для детей гугенотов, которые, сообразно последнему вышеупомянутому королевскому указу, должны были быть воспитаны в католической религии. Он строго следил за применением ужасных королевских указов, касавшихся пасторов и собраний. Один «министр», захваченный во время проповеди, был отослан аббатом дю Шелем в Монпелье, где его сожгли живым.
Протестанты, жившие в пределах его архиепископства, подверглись многим наказаниям. Он сам предавал их светской власти и всегда выказывал себя ярым сторонником самых строгих мер. Вот почему даже люди, прославлявшие ревностную веру аббата дю Шеля, не могли удержаться, чтобы не порицать его непреклонности. «Вера новообращенных, говорили они, была еще слишком неустойчивой и слабой, а он не щадил в достаточной мере эти хрупкие сосуды. Его ревность к Богу была слишком проникнута горечью. И этот образ действия, возбуждая умы, заставил гугенотов стряхнуть с себя непосильное бремя».
С точки зрения аббата, глубоко убежденного, что реформатская религия была, если можно так выразиться, бессмертным ядом, ибо протестанты губили навеки и свои души, и души своих приверженцев, легко понять его, но нельзя, конечно, простить ему ужасные меры, к которым он прибегал, желая наконец с корнем уничтожить ересь. Для этого человека, который вносил в религию свои воинственные наклонности, вопрос чисто человеческий не существовал вовсе. Как полководец хладнокровно обрекает на гибель добрую половину армии, надеясь выгодной победой спасти другую, так первосвященник, без угрызений совести и без сожаления, жертвовал всеми возмутившимися гугенотами, желая достичь торжества вечной правды и восстановить христианскую религию, столь пострадавшую от ударов, нанесенных ей кальвинизмом. Тем не менее, случалось, что этот человек возвышенного ума, безупречной нравственности и героической преданности делу Господа глубже заглядывал в себя. Тогда, вспоминая свою беспощадную жестокость, к которой он всегда прибегал, он спрашивал себя: не следовало ли предпочесть кротость строгости? И он чувствовал, что изнемогает под бременем ужасных сомнений. Потоки крови гугенотов, излившейся при колесовании и на кострах, казалось, взывали к нему. Ему чудились крики жертв.