На стороне противника были хорошее знание местности, поддержка населения и умение пользоваться естественными укрытиями и маскироваться. Отряды оппозиции быстро передвигались и оперативно рассредотачивались в случае опасности. Обнаружить их с воздуха было нелегко даже по наводке из-за отсутствия характерных ориентиров на однообразной местности. К тому же самолеты и вертолеты все чаще натыкались на зенитный огонь. В среднем в 1980 году вынужденная посадка приходилась на 830 часов налета или примерно на 800-1000 вылетов (а мест, пригодных для посадки подбитого самолета, было крайне мало).
Для повышения боевой живучести конструкция и системы Су-17 постоянно дорабатывались. Анализ повреждений показал, что чаще всего выходят из строя двигатель, его агрегаты, топливная и гидросистемы, управление самолета. Проведенный комплекс доработок включал установку накладных подфюзеляжных бронеплит, защищавших коробку приводов, генератор и топливный насос, заполнение топливных баков пенополиуретаном и наддув их азотом, что предотвращало воспламенение и взрыв при попадании в них осколков и пуль, изменения в конструкции прицела АСП-17, устранившие его перегрев. Устранен был и дефект в конструкции тормозного парашюта, замок крепления которого иногда обрывался, а самолет выкатывался за пределы ВПП и получал повреждения. Выручали прочность конструкции и выносливость Су-17. Бывали случаи, когда возвращавшиеся с боевого задания поврежденные машины слетали с полосы и зарывались в грунт по самое "брюхо". Их удавалось восстановить на месте и вновь ввести в строй. Двигатели АЛ-21Ф-3 надежно работали даже в несущий песок и камни "афганец", перенося и немыслимые в нормальных условиях забоины лопаток компрессора, и загрязненное топливо (трубопроводы, протянутые от советской границы для его доставки, постоянно обстреливались, подрывались, а то и просто развинчивались охочим до дармового горючего местным населением). В результате Су-17М3 к 1985 году по надежности опережали штурмовики и боевые вертолеты, имея наработку на отказ 145 часов (при среднем в ВВС 40-й армии значении 133.7).
Для снижения потерь были выработаны новые рекомендации по тактике боевого применения самолетов. Заход на цель рекомендовалось выполнять с большой высоты и скорости, с пикированием 30-45Ь, что затрудняло противнику прицеливание и снижало эффективность зенитного огня. По данным на 1985 год, на скорости свыше 900 км/ч и высотах более 1000 м боевые повреждения у Су-17 вообще исключались. Для достижения внезапности удар предписывалось выполнять с ходу, сочетая в одной атаке пуск ракет со сбросом бомб. Правда, точность такого бомбоштурмового удара (БШУ) из-за большой высоты и скорости снижалась почти вдвое, что приходилось компенсировать увеличением количества самолетов ударной группы, выходивших на цель с разных направлений, если позволяла местность.
Уже в 1981 году насыщенность районов боевых действий средствами ПВО достигла таких масштабов, что при планировании операций приходилось принимать во внимание необходимость их преодоления. Вокруг укрепленных районов и баз моджахедов насчитывалось до нескольких десятков зенитных огневых точек. Снижение риска достигалось умелым использованием рельефа местности, обеспечивавшим скрытность подхода и внезапность выхода на цель, а также выбором путей отхода после атаки.
Как правило, первой в намеченном районе появлялась пара Су-17, задачей которой была доразведка и целеуказание осветительными и дымовыми бомбами, упрощавшее ударной группе выход на цель. Пилотировали их наиболее опытные летчики, имевшие боевой опыт и навыки обнаружения малозаметных объектов. Поиск противника выполнялся на высоте 800-1000 м и скорости 850-900 км/ч, занимая около 3-5 минут. Дальше все решала быстрота удара, не дававшая противнику организовать ответный огонь.
На обозначенную САБ цель через одну-две минуты выходила группа подавления средств ПВО из 2-6 Су-17. С высоты 2000-2500 м они обнаруживали позиции ДШК и ЗГУ и с пикирования наносили удар НАР С-5, С-8 и кассетами РБК-250 или РБК-500. Уничтожение зенитных точек выполнялось как одиночным самолетом, так и парой - ведомый "добивал" очаги ПВО. Не давая противнику опомниться, через 1-2 минуты над целью появлялась основная ударная группа, выполнявшая атаку с ходу. На укрепления и скальные сооружения обрушивались бомбы ФАБ-250 (ОФАБ-250) и ФАБ-500 (ОФАБ-500), ракеты С-8 и С-24. Надежные и простые в эксплуатации С-24 имели большую дальность и точность пуска (особенно с пикирования) и применялись очень широко. Для борьбы с живой силой использовались кассетные боеприпасы РБК-250 и РБК-500. При действиях в "зеленке" и на открытых местах иногда использовались зажигательные баки с огнесмесью. Пушки постепенно утрачивали свое значение - их огонь при больших скоростях и возросших высотах был неэффективен.