Для повторной атаки самолеты выполняли маневр с расхождением, поднимаясь до 2000-2500 м, и вновь наносили удар с разных направлений. После отхода ударной группы над целью опять появлялись разведчики, производившие объективный контроль результатов БШУ. Выполнение задачи следовало подтвердить документально - в противном случае наземные войска могли ожидать неприятные сюрпризы. При выполнении особенно мощных авиационных налетов фотоконтроль выполнял специально вызывавшийся с кабульского аэродрома Ан-30. Его богатое фотооборудование позволяло сделать многоспектральную съемку местности и точно определить степень разрушений. Надежную радиосвязь с КП и согласованность действий обеспечивал постоянно находящийся в воздухе самолет-ретранслятор Ан-26РТ.
Если удар выполнялся для поддержки наземных частей, требовалась повышенная точность, поскольку цели находились вблизи своих войск. Для организации взаимодействия с авиацией частям придавались авианаводчики из ВВС, которые налаживали связь с летчиками, указывали им положение переднего края пуском сигнальных ракет или дымовыми шашками. Атака при поддержке наземных войск продолжалась до 15-20 минут. С помощью авианаводчиков наносились и удары по вызову для подавления вновь выявляемых огневых точек. Для обеспечения скрытности маневра войск или прикрытия их отхода Су-17 привлекались в качестве постановщиков дымовых завес. Для оценки результативности атак летчики не позднее чем через 5-10 минут после посадки, когда еще свежи были впечатления, должны были подать в штаб полка донесение, немедленно передававшееся на КП ВВС.
Еще одной задачей Су-17 стало минирование с воздуха опасных районов и горных троп. Наряду с разрушением перевалов бомбовыми ударами, их минирование затрудняло моджахедам передвижение, лишая преимущества в подвижности и неожиданности нападения. Для этого использовались КМГУ, каждый из которых нес по 8 блоков, вмещавших 1248 противопехотных фугасных мин. Разбрасывание мин Су-17 производили на скорости порядка 900 км/ч.
При выполнении боевых задач выявились и недостатки, снижавшие эффективность БШУ и увеличивавшие риск повреждении и потерь. Так, при освоении афганского театра боевых действии летчики, выполнив несколько успешных боевых вылетов, склонялись к переоценке своих сил, недооценке противника (особенно его ПВО) и начинали выполнять атаки однообразно без учета особенностей местности и характера целей. Сброс бомб производился не по единой методике, что приводило к их рассеиванию. Несколько звеньев Су-17 были даже возвращены на базы из-за низкой точности ударов и опасности попадания по своим войскам. Так, летом 1984 года под Кандагаром ведущий группы Су-17, отказавшийся от помощи авианаводчика, по ошибке сбросил бомбы на свой пехотный батальон. Погибли четыре человека и девять были ранены.
Другим недостатком было частое отсутствие точных данных о ПВО противника (по сведениям разведки, в районах базирования моджахедов в 1982 году насчитывалось до 30-40 зенитных средств, а в опорных пунктах - до 10). Зенитные пулеметы и ЗГУ маскировались, прятались в укрытиях и быстро выдвигались на огневые позиции. Шаблонность атак и затягивание времени на обработку цели в таких условиях становились опасными. В районе Кандагара летом 1983 года Су-17М3 был сбит при выполнении шестого (!) захода на цель. Другими причинами потерь были ошибки пилотирования и отказы техники.
Возросшее напряжение боев привело к большим нагрузкам на летчиков и техников самолетов. Специалисты НИИ авиакосмической медицины, изучавшие "человеческий фактор", определили, что чрезмерные нагрузки на организм в течение 10-11 месяцев интенсивных боевых вылетов приводят к "существенным функциональным сдвигам и нарушениям в сердечно-сосудистой и двигательной системах, у 45% летчиков отмечается переутомление и нарушения нормальной психической деятельности". Жара и обезвоживание приводили к потерям в весе (в некоторых случаях до 20 кг) - люди буквально высыхали на солнце. Медики советовали снизить летную нагрузку, сократить время ожидания перед вылетом и создать благоприятные условия для отдыха. Практически же единственной реализуемой рекомендацией стало соблюдение предельно допустимой летной нагрузки, определенной в 4-5 боевых вылетов за смену.