Об эффективности каждого вылета "за речку" речь уже не шла поставленные задачи должны были выполняться количественно, "выкатыванием" на афганские горы запасов со всех окружных складов авиационного боепитания. Бомбардировки велись с больших высот, поскольку по данным разведки к осени 1988 года у оппозиции насчитывалось 692 ПЗРК, 770 ЗГУ, 4050 ДШК. На Су-17М3 и М4, участвовавших в налетах, была доработана радиосистема дальней навигации (РСДН), обеспечивавшая автоматизированный выход на цель и бомбометание. Точность ее оказалась невелика, и в декабре 1988 года при одном из налетов бомбами "накрыли" полевой штаб афганского корпуса.
Второй этап вывода войск начался 15 августа. Чтобы избежать последних жертв подходившей к концу войны, решили увеличить интенсивность бомбежек районов ожидаемого сосредоточения моджахедов и постоянными ударами сопровождать выход колонн, срывая связь между отрядами оппозиции и подход караванов с оружием (а их только за октябрь замечено было больше ста). Для этого широко стали применяться ночные вылеты группами по 8, 12, 16 и 24 Су-17с выходом в заданный район с помощью РСДН на большой высоте и проведением навигационного (площадного) бомбометания. Удары наносились в течение всей ночи с разными интервалами, изматывая противника и держа его в постоянном напряжении близкими разрывами мощных бомб. Два вылета за ночь стали для летчиков обычным делом. Кроме того, велась ночная подсветка местности вдоль дорог с помощью САБ. В конце октября при плановой замене ИБА в Шинданде "сухих" сменил полк трехэскадрильного состава на МиГ-27М и МиГ-27Д из Жангиз-Тобе. Смена "коней" под самый конец войны по указанию Главного Штаба ВВС была продиктована уходившей возможностью испытать МиГи в деле. Им досталась нелегкая задача: 3-4 (а иногда до 6) вылета на летчика в смену в оставшиеся месяцы были нормой.
К зиме особенно важным стало обеспечение безопасности на участке, соединявшем Кабул с Хайратоном на советско-афганской границе. Район Панджшера и южного Саланга контролировали отряды Ахмад Шаха Масуда "панджшерского льва", лидера независимого и дальновидного. Командованию 40-й армии удалось договориться с ним о беспрепятственном проходе советских колонн. Перемирие сорвали афганские правительственные части, которые постоянно вели провокационные обстрелы селений вдоль дорог, вызывая ответный огонь. Избежать боев не удалось, и 23-24 января 1989 года начались непрерывные авиационные налеты на Южный Саланг и Джабаль-Уссардж. Сила бомбовых ударов была такова, что жители близлежащих афганских кишлаков покидали свои дома и перебирались ближе к дорогам, по которым к границе тянулись грузовики и военная техника.
Вывод войск завершился 15 февраля 1989 года. Еще раньше, к началу месяца, на советские аэродромы перелетели Су-17М4Р из Баграма и МиГ-27 из Шинданда, а наземное имущество было вывезено Ил-76. Но "сухие" еще оставались в Афганистане - 355-й афганский авиаполк продолжал боевые действия на Су-22. Поставки самой современной боевой техники и боеприпасов правительству Наджибуллы с уходом советских войск даже расширились. Война продолжалась, и в 1990 году решением ЦК КПСС и Совета Министров СССР Афганистану были переданы 54 боевых самолета, 6 вертолетов, 150 тактических ракет и множество другой техники. У летчиков 355-го авиаполка впереди были еще три года боев, потерь, участие в неудавшемся мятеже в марте 1990 года и бомбардировки Кабула при взятии его силами оппозиции в апреле 1992 года.
Истребительная авиация
Среди самолетов, переброшенных в Афганистан при вводе советских войск, большую часть составляли истребители. По численности к началу января 1980 года они уступали лишь вертолетам - "воздушным рабочим" армейской авиации. Появление истребителей в ВВС 40-й армии было вызвано опасением контрмер со стороны Запада. "Агрессивный империализм, - гласила официальная "легенда", - рвется установить на склонах Гиндукуша нацеленные на СССР ракеты", поэтому возможность открытого столкновения с американцами и их союзниками рассматривалась вполне серьезно; на этот счет в докладной записке ЦК КПСС говорилось: "Нам придется иметь дело с объединенными силами США, других стран НАТО, Китая и Австралии". Не исключалось и втягивание в войну соседних с Афганистаном мусульманских государств, которые могли бы придти на помощь "братьям по вере".