Для ликвидации очагов сопротивления советским войскам в конце февраля был отдан приказ совместно с частями афганской армии начать активные боевые действия, прежде всего вокруг столицы, в приграничных с Пакистаном районах. Первую крупную операцию провели в провинции Кунар в марте 1980 года. Продвижение советского мотострелкового полка в направлении города Адасабада поддерживали истребители. Специфика афганских условий сразу дала о себе знать - продвижение войск сопровождалось непрерывными обстрелами, а прилетавшие летчики не могли отыскать прячущиеся среди скал и нагромождений камней огневые точки мешали большая скорость, да и время подлета (авиацию вызывали по радио) позволяло противнику сменить позиции. Пилотам, знавшим, что цели должны находиться "где-то здесь" (пользуясь при этом устаревшими картами, не менявшимися с 50-х годов), пришлось наносить удары по площадям, накрывая квадраты вдоль дороги. Дважды при этом под огонь авиации попадали свои войска, к счастью, обходилось без жертв.
В то же время пришлось усилить авиационную группировку и на западе Афганистана: часть истребителей перебросили на аэродром Шинданда крохотного городка в пустыне у иранской границы, где располагался крупный аэродром с полосой длиной 2940 м, ставшего опорным пунктом советских войск в этих местах. Шинданд, Баграм, а также Кандагар и в дальнейшем оставались базовыми аэродромами ИА, между которыми при необходимости производилась переброска самолетов для сосредоточения мощных ударных групп, служа своего рода "сухопутными авианосцами", у которых концентрировались и другие части. Северные провинции ДРА Балх, Джузджан и Фариаб, в основном "обслуживали" МиГ-21 с аэродрома Кокайды, находившегося в Узбекистане всего в 25 км от границы, летчики которого называли местные банды "своими подшефными".
На первом этапе войны самолетный парк ИА состоял только из МиГ-21 модификаций "бис". Тяжеловатые и не особенно любимые летчиками в Советском Союзе МиГ-21СМТ, предполагавшиеся к посылке в ВВС 40-й армии, в конечном счете в ДРА так и не попали, хотя и могли проявить в афганских условиях свои достоинства - увеличенный запас топлива обеспечивал ему большую продолжительность полета (и на 200-250 км большую дальность), зачастую так необходимую в рейдах над лишенными ориентиров горами и пустынями. Причиной послужили худшие, чем у "бисов", взлетные качества и неустойчивость перегруженного топливом самолета, особенно ощутимая в разреженном горном воздухе.
При постановке задач командование ВВС 40-й армии не делало особых различий между истребителями и истребителями-бомбардировщиками. Работы хватало всем, а по выучке истребители не уступали летчикам ИБА (бомбометание и штурмовка входили в курс боевой подготовки ИА). Хотя прицельное оборудование МиГ-21бис (самолет имел только стрелковый прицел АСП-ПФД) и выглядело более скромным по сравнению с лазерными дальномерами и допплеровскими радиосистемами Су-17 и Су-25, но в горах, занимающих 80% территории Афганистана и служивших основным прибежищем противнику, сложная автоматика давала много промахов, и на первый план выходили навыки и индивидуальные приемы летчиков, прицеливавшихся при сбросе бомб "по кончику ПВД". Эффективность ударов при отсутствии знакомых по боевой учебе целей - скоплений боевой техники, сооружений, позиций ракет и артиллерии - оставалась невысокой.
Летавший молодым лейтенантом на МиГ-21бис М. Правдивцев так вспоминал о своем первом боевом вылете в Парминском ущелье рядом с Баграмом: "После постановки задачи я спросил у комэска: "А как бомбы сбрасывать? Он мне объяснил, что главное - держать боевой порядок и смотреть на него. Как только у него бомбы сойдут, то и мне сбрасывать с задержкой "и р-раз", чтобы бомбы рассеялись, потому что с первого захода я все равно не найду, куда целиться, тем более, что удар мы должны наносить по "предполагаемым" огневым точкам. Взлетели рано утром, над целью пикируем куда-то в темень. Сброс. Вывод. Ведущий докладывает, что "капель" больше нет, работу закончили и уходим на точку".
"Бис" уверенно поднимал до тонны бомб, но обычно МиГ-21 несли нагрузку, не превышавшую двух 250-кг бомб - сказывались разреженный воздух высокогорья и жара (уже при обычных для этих мест +35ЬС тяга двигателей Р25-300 падала на 15%). В этих условиях при нормальном взлетном весе разбег самолета достигал 1500 м против обычных 850 м, а с "пятисотками" самолет к тому же становился труден в управлении на взлете и заметно терял скороподъемность. Брать большую бомбовую нагрузку за счет сокращения заправки было рискованно - летчики предпочитали иметь навигационный запас топлива при возвращении домой. Если обнаружить аэродром все же не удавалось, инструкция предписывала взять курс на север и, после полной выработки горючего, катапультироваться над советской территорией.