Шауль Мофаз, начальник штаба ЦАХАЛа, был убежденным противником одностороннего ухода из Ливана. Отступление под огнем, предупреждал он, негативно скажется на уверенности армии в себе и послужит сигналом слабости для врагов Израиля. Нарушая демократическую норму верховенства гражданских властей, Мофаз взял за правило проводить брифинги в СМИ против правительства. Другим ярым противником вывода войск был генерал-майор Габи Ашкенази, командующий Северным фронтом. Мофаз и Ашкенази возглавили оппозицию выводу войск в такой боевой манере, что комментаторы в СМИ обвинили их в опасной близости к путчу. За несколько месяцев до вывода войск в СМИ просочилась информация из источников разведки, предупреждавшая о том, что может произойти на следующий день. В одном из сообщений утверждалось, что иранцы приняли стратегическое решение об усилении террора и что они дали указание "Хизбалле" усилить атаки на израильские объекты в сотрудничестве с ХАМАСом и "Исламским джихадом". В интервью газете "Едиот Ахаронот" Мофаз открыто осудил политику правительства, дав понять, что не рекомендует выводить войска. Некоторые коллеги Барака советовали ему уволить непокорного начальника штаба. Барак отверг эти советы, опасаясь ущерба для аппарата главы администрации и полагая, что в момент принятия решения Мофаз и Ашкенази выполнят приказ правительства. Мофаз продолжал мечтать о том, чтобы покинуть Ливан с гордо поднятой головой победителя. На заседании кабинета безопасности в конце апреля Мофаз, Ашкенази и Малка представили возможные сценарии развития событий и предупредили, что "выход из Ливана может поджечь весь север". Министры, присутствовавшие на встрече, говорили потом, что, по их мнению, офицеры пытались их запугать.
Используя свои прерогативы премьер-министра, Барак неоднократно перечил высшему военному руководству, и 5 марта 2000 г. он представил первоначальное предложение об одностороннем выводе израильских войск из Южного Ливана на рассмотрение кабинета министров, который принял это предложение, но не определил дату его реализации. Планы по выводу войск сопровождались намеренной дезинформацией, что усугубило кризис доверия между ЦАХАЛом и армией Южного Ливана. 22 мая, после того как несколько позиций ОАС перешли в руки "Хизбаллы", было созвано срочное совещание, на котором кабинет безопасности принял решение отдать приказ о немедленном выводе войск. После того как приказ был отдан, ЦАХАЛ выполнил его быстро и эффективно. 24 мая ЦАХАЛ покинул зону безопасности и отступил к международной границе в соответствии с резолюцией 425 Совета Безопасности ООН. С оперативной точки зрения отход был признан успешным, и Ашкенази получил похвалу. Однако к народному облегчению по поводу выхода из ливанской трясины примешивалась критика в прессе по поводу того, что ЦАХАЛ оставил военную технику и секретные документы. К этому времени стало ясно, что распад ОАС уже не остановить. Чувствуя себя брошенными своим союзником, большое количество бойцов ОАС дезертировали и присоединились к "Хизбалле". Телевизионные репортажи вызывали у населения тревожное чувство, что армия отступает, а союзники брошены на произвол судьбы. Как сказал Ашкенази в вечернем телеинтервью, "красивых отступлений не бывает".
Вывод войск, когда инспекторы ООН определили международную границу и подтвердили, что вывод израильских войск завершен, положил конец восемнадцатилетней авантюре Израиля в Ливане. Предвыборное обещание вернуть парней домой было выполнено. Однако невозможно было скрыть тот факт, что некогда легендарный ЦАХАЛ был унижен в Ливане и что настоящим победителем стала крошечная исламская партизанская группировка "Хизбалла". Многие восприняли отступление ЦАХАЛа под покровом темноты как равносильное поражению. Обида усугублялась страхом, что другие исламские движения сопротивления, такие как ХАМАС и "Исламский джихад", могут прибегнуть к той же тактике партизанской войны и взрывов смертников, которая оказалась столь эффективной при вытеснении ЦАХАЛа из Ливана. Хизбалла" получила огромный толчок к росту своего престижа. Она стала считаться первой арабской военной организацией, которой удалось победить Израиль на поле боя, не заплатив за это очень высокую цену. 26 мая, через два дня после того, как последний израильский солдат покинул землю Южного Ливана, "Хизбалла" провела парад победы в городе Бинт-Джбейль. Генеральный секретарь "Хизбаллы" Хасан Насралла выступил с речью, обращенной ко всему арабскому миру: "Мои дорогие братья, я говорю вам следующее: Израиль со всем своим атомным оружием слабее паутины".