Суд в отношении деятельности антисоветских организаций состоял из нескольких слушаний. Много людей оказались виновными в итоге, подведенным Вышинским, Троцкий отметил, что выходило так, будто «советское государство выступает как централизованный аппарат государственной измены. Глава правительства и большинство народных комиссаров (Рыков, Каменев, Рудзутак, Смирнов, Яковлев, Розенгольц, Чернов, Гринько, Иванов, Осинский и др.); важнейшие советские дипломаты (Раковский, Сокольников, Крестинский, Карахан, Богомолов, Юренев и др.); все руководители Коминтерна (Зиновьев, Бухарин, Радек); главные руководители хозяйства (Пятаков, Смирнов, Серебряков, Лифшиц и пр.); лучшие полководцы и руководители Красной армии (Тухачевский, Гамарник, Якир, Уборевич, Корк, Муралов, Мрачковский, Алксиис, адмирал Орлов и пр.); наиболее выдающиеся рабочие-революционеры, выдвинутые большевизмом за 35 лет (Томский, Евдокимов, Смирнов, Бакаев, Серебряков, Богуславский, Мрачковский): глава и члены правительства Российской советской республики (Сулимов, Варвара Яковлева); все без исключения главы трех десятков советских республик, т. е. Вожди, выдвинутые движением освобожденных национальностей (Буду Мдивани, Окуджава, Кавтарадзе, Червяков, Гололед, Скрыпник, Любченко, Нестор Лакоба, Фанзула Ходжаев, Икрамов и десятки других); руководители ГПУ в течение последних десяти лег, Ягода и его сотрудники; наконец, и это важнее всего, члены всемогущего Политбюро, фактической верховной власти страны: Троцкий, Зиновьев, Каменев, Томский, Рыков, Бухарин, Рудзутак, — все они состояли в заговоре против советской власти, даже в те годы, когда она находилась в их руках. Все они, в качестве агентов иностранных держав, стремились разорвать построенную ими советскую федерацию в клочья и закабалить фашизму народы, за освобождение которых боролись десятки лет».
В числе арестованных оказалась и Варвара Яковлева. 12 сентября 1937 года ее посадили в тюрьму по подозрению в антисоветской деятельности, но 26 декабря того же года это обвинение было изменено. Яковлева, по мнению следствия, якобы уже была достаточно изобличена в том, что «являлась активным участником нелегальной контрреволюционной троцкистской организации и занималась вредительской террористической деятельностью».
Что же послужило основанием для предъявления столь сурового обвинения? По всей видимости, Варвара Николаевна не давала следствию нужных показаний в отношении Бухарина, левых коммунистов и их позиции по мирному договору с Германией 1918 года.
Незаконные методы следствия были тогда широко распространены. Многие люди оказались морально сломленными, физически униженными при такой «добыче информации». Яковлева не стала исключением.
В феврале–марте 1938 года она предстала на суде, предметом разбирательства которого стал «антисоветский протроцкистский блок». Обвинительную речь полагалось произнести Главному прокурору СССР Вышинскому. Точную характеристику этому человеку дал Л. Д. Троцкий в своей статье «Итоги процесса»: «В годы революции он был в лагере белых. Переменив после окончательной победы большевиков ориентацию, он долго чувствовал себя униженным и подозреваемым. Теперь он берет реванш. Он может глумиться над Бухариным. Рыковым, Раковским, имена которых в течение ряда лет произносил с преувеличенной почтительностью».
Вынесение приговора предваряла на суде «беседа» Варвары Яковлевой с Вышинским. Прокурор задавал вопросы, а подсудимая на них отвечала:
— Вы припоминаете свое участие в 1918 году в группе левых коммунистов?
— Очень точно.
— Расскажите нам кратко, кто был главным организатором и руководителем этой группы?
— Идейным руководителем был Бухарин.
— Кто был организатором деятельности этой группы?
— Фракционным центром антисоветской группы левых коммунистов являлось Московское областное бюро. Оно избиралось на областной партийной конференции в довольно широком составе с участием местных работников. Затем для своей постоянной организационной руководящей работы оно выделяло так называемый узкий состав. В конце 1917 года и начале 1918-го этот узкий состав состоял сплошь из левых коммунистов, и он-то являлся фракционным центром группы левых коммунистов.
— Кто был руководителем этого центра?
— Идейным руководителем был Бухарин. Затем был ряд общественных лиц, которые формулировали идеологию левых коммунистов. К ним принадлежали Преображенский, Радек, Осинский.
— Меня интересуют данные о Бухарине, поскольку он обвиняется по этому делу. Это надо для его характеристики. Скажите, каково было отношение Бухарина к мирным переговорам в Бресте, к заключению Брестского мира?
— Бухарин, как и вся группа левых коммунистов, был против заключения мира с немцами.
— Какие шаги он предпринял для того, чтобы сорвать заключение мира?
— Имелся ряд выступлений в печати и партийных кругах, затем была и нелегальная деятельность группы левых коммунистов, которая была направлена к тому же самому.