Выступавшие отмечали рост большевистских организаций и растущее сочувствие масс. «Поздно вечером, — вспоминает Яковлева, — уже после двенадцати часов, было вынесено решение (против двух, при одном или двух воздержавшихся) о том, что партия держит курс на восстание в ближайшее время».
12 октября 1917 года Варвара Николаевна доложила о прошедшем пленуме на заседании Московского областного бюро. Оно одобрило указанную выше резолюцию ЦК партии, о чем было доведено до сведения крупнейших партийных организаций области. Вскоре на совместном совещании Московского областного бюро, городского и окружного комитетов ЦК РСДРП(б) создали боевой партийный центр по руководству действиями в момент восстания. В этот центр была включена и Яковлева. Тогда в полном объеме проявились ее незаурядные организаторские способности и волевые качества.
Между тем после великого потрясения — Октябрьской революции — жизнь потекла дальше. В Москве в эту осень и зиму было тревожно, по ночам хозяйничали грабители, за ними тянулись отряды анархистов. Грабили открыто, нагло «изымали у буржуев» все подряд, устраивали кутежи с песнями и стрельбой из оружия. В столице то и дело вспыхивали стычки анархистов с рабочими отрядами и отрядами ВЧК. Поэтому, когда в середине апреля 1918 года в одну из ночей анархисты были разоружены, москвичи вздохнули с облегчением: в городе стало спокойнее.
На партийной работе Яковлева находилась до 23 декабря 1917 года. В тот день шло очередное заседание Совета народных комиссаров под руководством Ленина, рассматривалось множество вопросов. И вдруг возник конфликт из-за Варвары Николаевны между Комиссариатом внутренних дел и Высшим советом народного хозяйства. Оба ведомства хотели получить ее к себе на работу. В итоге СНК принял компромиссное решение: Яковлеву ввели в состав НКВД и одновременно назначили управляющим делами ВСНХ.
Накануне открытия Учредительного собрания, намечавшегося на 5 января 1918 года, в Петрограде шло бурное заседание фракции большевиков, где обсуждался вопрос, имеет ли смысл вообще открывать собрание или после его открытия сразу же потребовать признания советского правительства, а в случае отказа — покинуть зал и тем самым сорвать работу органа. На том заседании председательствовала Яковлева. Она отстояла вторую позицию, которой придерживался Ленин.
В то же время по проблеме заключения Брестского мирного договора с Германией 3 марта 1918 года Варвара Николаевна разделила взгляды левых коммунистов, возглавляемых Бухариным. Противниками Брестского мира выступили Дзержинский, Бубнов, Урицкий и другие, ратовавшие за революционную борьбу с немцами. 3-10 марта на экстренном съезде РКП(б) левые коммунисты голосовали против договора с немцами, некоторые из них даже отказались от своих государственных и партийных постов. Яковлева оказалась в их числе. Ее союз с левыми коммунистами был Закономерен и не случаен, ведь Бухарин зарекомендовал себя как идейный наставник уже давно, когда Варвара Николаевна только приобщалась к революционной деятельности. (Правда, спустя какое-то время Бухарин признал ошибочность позиции левых коммунистов в вопросе Брестского мира).
В настоящее время существуют разные мнения о необходимости заключения тогда, в 1918 году, мирного договора с Германией. Конечно, Россия потеряла огромные территории. Утверждения, что Ленин был немецким шпионом, а потому и пошел на такой унизительный для Советской России шаг, небезосновательны. Возможно, в тот момент подписание Брестского мирного договора являлось единственно верным решением. Особенно если учитывать разрыв отношений с Антантой, плохую подготовку армии к военным действиям, опасность захвата Петрограда.
Кстати, тогдашние союзники большевиков — левые эсеры — тоже решительно протестовали против Брестского мира. Они вышли из правительства, куда уже больше не вернулись. Позиция Яковлевой по договору с немцами негативно отразилась на ее взаимоотношениях с Лениным. Оставаясь внешне лояльным, он перестал доверять Варваре Николаевне.
24 февраля 1918 года Яковлева участвовала в заседании узкого состава Московского областного бюро РСДРП(б), которое выразило недоверие ЦК партии, отказалось подчиняться решению ЦК по вопросу о мире с Германией и заявило, что считает целесообразным в интересах международной революции идти на возможность утраты советской власти, становящейся после заключения договора чисто формальной.
Позднее Варвара Николаевна не только не стала членом, но и потеряла пост кандидата в члены ЦК партии. Ее дальнейшая судьба определилась на заседании ЦК РКП(б) 18 мая 1918 года. Тогда по просьбе Дзержинского с целью усиления комиссии ВЧК было решено «перевести туда ряд товарищей», в том числе Яковлеву, для работы в отделе по борьбе с контрреволюционерами при ЧК.
Начался один из самых значительных этапов жизни Яковлевой.