Станислав Александрович Байковский, выходец из Польши, до октября 1919 года находился на посту заведующего следствием ПЧК. Он принимал решения о судьбах арестованных жителей Петрограда и стоял у истоков таких методов допроса, которые позволяли получать в ходе следствия любые «нужные» показания. Байковский судил людей по анкетным данным. В 1938 году он был репрессирован.
После убийства Урицкого в августе 1918 года место председателя Петроградской ЧК занял Глеб Иванович Бокий. А как же Яковлева? После завершения дела «заговор послов» она не уехала в Москву. 16 сентября 1918 года ЦК РКП(б) принял решение «о необходимости самого тесного сотрудничества между Петроградом и Москвой в Чрезвычайной Комиссии, как Всероссийской, так и Петроградской, ввиду того, что многие дела возникают в одном месте, а нити имеют в другом». По этой причине Яковлевой было предложено продлить свое пребывание в Петрограде.
Так из «гостьи» Варвара Николаевна превратилась в полноправного сотрудника Петроградской ЧК, члена президиума комиссии и заместителя Бокия. В начальный период работы на новом месте Яковлева вела себя предельно осмотрительно, ограничиваясь лишь функциями наблюдателя из Центра. Вместе с тем она подписывала кое-какие документы, не имевшие, правда, существенного значения. Вполне возможно, что ее, женщину, местные чекисты не воспринимали в качестве руководителя такого ранга. А зря.
Бокий руководил Петроградской ЧК всего ничего — чуть более месяца. После чего Зиновьев, испытывая глубокую неприязнь к нему, с помощью интриг сумел не только снять Бокия с должности, но и вообще убрать из Петрограда.
10 ноября 1918 года новым председателем ЧК стала Варвара Яковлева.
В тот период в стране бушевал «красный террор». Вот что говорилось в постановлении СНК ст 5 сентября 1918 года: «Необходимо опубликовать имена всех расстрелянных, а также основания применения к ним этой меры». В октябре — декабре того же года в газете «Петроградская правда» за подписью Яковлевой появилось шесть списков расстрелянных. количество которых составляло в общей сложности 106 человек. В их числе, например, были: убийца Урицкого Каннигисер; четыре человека — по деду «об организации, поставившей себе целью вербовку на Мурмаи»; десять по делу «о выступлении матросов»; пять — бывших чекистов, а остальные — преимущественно бандиты, грабители, спекулянты и убийцы. Среди пяти разоблаченных и расстрелянных чекистов оказались люди, появившиеся на работе и комиссии еще при Урицком. Это комиссары Роман Иванович Юргенсон и Густав Иоганнонич Менам — «за намерение присвоить деньги, отобранные при обыске и затем бежать», бывший комиссар Иосиф Филиппович Доссель — «за шантаж и ряд мелких уголовных дел», бывшие сотрудники Алексей Васильевич Кузьмин и Георгий Степанович Кузнецов — по делу «о налете на восьмую роту».
А вот еще один исторический факт. Небезынтересны обстоятельства расстрела некоего Сергеева: «2 декабря но постановлению Петроградской чрезвычайной комиссии по борьбе с контрреволюцией и спекуляцией расстрелян за систематические растраты и пьянство Федор Григорьевич Сергеев, рабочий Путиловского завода, состоящий в партии коммунистов с 1905 года». Сергеев принял приговор очень спокойно. Перед смертью он просил простить его проступки против партии и заявил: «Партия иначе поступить не могла».
Как же так оказалось, что бывшие сотрудники ПЧК стали преступниками? Необходимо отметить, что процедура оформления на работу в чрезвычайную комиссию в те времена была предельно проста: кандидату достаточно было представить рекомендацию первичной партийной организации или одного члена партии. Часто обходилось и без этого — например, при согласии Урицкого беспартийного Шиманского оформили на должность секретаря комиссии.