О своем отпуске Зоя Ивановна вспоминала: «Мы бродили по окрестностям Карловых Вар и мечтали, что, уйдя в отставку, попросим дать нам самый отсталый поселок или район и вложим в него весь наш жизненный опыт, все, что познали в странствованиях: финскую чистоплотность, немецкую экономность, норвежскую любознательность, австрийскую любовь к музыке, английскую привязанность к традициям, шведский менталитет, в котором объединились благоразумие, зажиточность и тот внешний вид, когда трудно определить возраст — от 30 до 60. Мы ничего не нажили — зато у нас была великая жажда познания. А еще в те дни мы пережили взлет влюбленности. "Это наше, хотя и запоздалое, свадебное путешествие", — смеялся Борис».
Неожиданно романтичная сказка закончилась. Из Центра пришла срочная телеграмма с требованием возвращения Зои Ивановны в СССР. Бориса Аркадьевича руководство направляло в Баден-Баден на встречу с дипломатическим курьером, доставлявшим особо важные задания. С февраля 1947 года Рыбкин работал в группе Павла Судоплатова (спецслужбе МГБ СССР). Он выезжал в Турцию и другие страны для восстановления связей с нелегальными агентами на Ближнем Востоке и в Восточной Европе. Обычные трудовые будни разведчика — оперативные мероприятия, специальные командировки… Но 27 ноября 1947 года жизнь Рыбкина трагически оборвалась. Борис Аркадьевич погиб в автокатастрофе под Прагой «при исполнении служебных обязанностей».
Последние часы с мужем, проведенные в отпуске в Чехословакии накануне отъезда в Москву, навсегда остались в памяти Зои Ивановны…
«Я очень редко плачу. Но в эту ночь рыдала, не знаю отчего… На аэродроме Борис сунул мне в карман какую-то коробочку. Догадалась: духи "Шанель". Знала, что в Москве буду искать в перчатках, в пижамных карманах, в несессере записку: крохотный листок с объяснением в любви он обычно упрятывал в моих вещах.
— До скорого свидания, — сказал он…
А мне кричать хотелось: все, мы больше не увидимся! 28 ноября, на работе. Я просто не находила себе места. Когда меня вызвали к начальнику управления, первой мыслью было: "Борис звонит по «ВЧ»".
— Звонил? — спросила я с порога.
Начальник затянулся сигаретой, помолчал.
— Ты прошла все: огонь, воду, медные трубы. Ты баба мужественная. — Он набрал воздух и выдохнул: — Борис погиб. В автомобильной катастрофе под Прагой.
Я вернулась к себе в кабинет, собрала со стола бумаги, уложила их в сейф, опечатала, вызвала машину. Я была спокойна, чересчур спокойна, и это меня пугало. Ведь накануне металась, а тут окоченела. 29 ноября тело было доставлено самолетом в Москву, но мне об этом не сказали. Только 2 декабря меня привезли в клуб имени Дзержинского. Гроб утопал в цветах, было очень много венков. Я склонилась над Борисом. Лицо не повреждено, руки тоже чистые, ни ссадин, ни царапин. Но когда я хотела поправить надвинувшуюся на щеку розу, то увидела за правым ухом зияющую черную рану. В крематории речи… салют… Урну с прахом захоронили на Новодевичьем кладбище в склепе, поверх которого насыпали могильный холм. И снова речи…
Каждое воскресенье мы с трехлетним сыном ездили туда. В парк культуры — объясняла я, — сажать цветы на нашей клумбе. Отец для него долго оставался живым, он ждал его каждый день… Сразу после похорон я написала министру Абакумову рапорт с просьбой поручить мне вести дальше дела полковника Рыбкина Б. А. Мне в этом было отказано, хотя мы с Борисом Аркадьевичем были на одинаковых должностных ступенях».
Ближайший друг Зои Ивановны Эдуард Шарапов вспоминал: «Она много раз говорила мне, что отчетливо видела за ухом отверстие от пули. Не поверю, что мужественная, волевая сорокалетняя женщина-военнослужащая могла перепутать пулевое ранение с обычной, хотя и смертельной травмой. Вопрос о гибели мужа жег ее на протяжении десятилетий. Кому и зачем нужна была смерть полковника Рыбкина? Возможно, она явилась результатом какой-то внутренней, служебной борьбы, внутренних неурядиц и неразберих. А возможно, это был один из эпизодов тогдашней антисемитской волны. За две недели до пражской трагедии в автомобильной же катастрофе погиб народный артист СССР Михоэлс. Органы государственной безопасности, как известно, были одним из тех учреждений, в которых ярко просматривалась линия то взлета, то падения роли евреев в политике нашей страны: в ВЧК при Дзержинском они были на всех ключевых постах, затем они же явились жертвами репрессий. В середине 40-х годов "еврейский вопрос" был на устах советского руководства: решался вопрос о создании автономной республики в Крыму или в Палестине… Смерть Рыбкина могла быть и результатом его участия в организации и проведении знаменитой Ялтинской конференции 1945 года».