После того как Советский Союз заключил перемирие с Финляндией, Зоя Ивановна, передав обязанности новому резиденту, решила вернуться в Москву.
Опять пришлось ехать через Англию. В публикации «Избранные страницы шпионской жизни» Эдуард Шарапов рассказал о возвращении Рыбкиной на родину:
«И снова Англия, и по-прежнему здесь туго с продовольствием. Но, узнав, что покупательница из России, владелец магазинчика достает откуда-то лимоны, сыр, сахар и просит принять в подарок. Ее пообещали "пристроить" к конвою (справка: конвой — до шестидесяти транспортных пароходов, груженных танками, пушками, самолетами, консервами, зерном, медикаментами — всем, что поставляли американцы по ленд-лизу. В сопровождении конвоя — крейсера, миноносцы, торпедные катера). В Глазго Зоя оказалась свидетелем митинга. Транспаранты "Привет советским солдатам!", "Требуем открытия второго фронта!", ораторы на трибуне, крики "Виват!“, баночки с краской в руках людей. Броня танков покрывается надписями: "Спасибо, русский брат Иван", "Good luck uncle Joe!" («Удачи, дядя Джо!» — так англичане называли Сталина). С плаката "Смерть фашистским оккупантам" рабочий срисовывает русские буквы "Желаю скорой победы". Очередной оратор призывает: "Поможем восстановить Сталинград!", площадь откликается единым возгласом: "Поможем!" В толпе появляются люди с беретами в руках. "Шапка по кругу" наполняется купюрами и монетами, царит великолепное чувство локтя…
Потом были свирепый шторм, мертвая зыбь, сказочные хрустальные дворцы — в которые превратились палубы с обледеневшим такелажем. Потом разрывы глубинных бомб и торпед, разломившиеся корабли… Зоя мысленно повторяла путь к шлюпке № 4, в которую должна была сесть, если их пароход будет торпедирован. Повезло… И вот — Здравствуй, причал родной земли! — Мурманск в руинах, потом Москва».
Встречу с близкими после долгой разлуки Зоя Ивановна не могла вспомнить без слез:
«На перроне мама. Боже мой, неужели это она? Нет, это ее тень. Худенькая, маленькая, хрупкая. Рядом моя подруга — мы звали ее Пампушкой, а сейчас она превратилась в тростинку с опавшего одуванчика.
— Мамочка, ты больна? Почему так безумно похудела?
Я переводила ей всю зарплату в валюте и считала, что они с моим сыном хорошо обеспечены. Но обмен на рубли по твердому курсу давал им лишь добавочное ведро картошки (хотя в Швеции за эту же месячную зарплату можно было купить отличную шубу).
— Где Борис?
— На фронте.
Через несколько дней он появился — непривычно усатый-бородатый, в армейской форме. Я спросила, удалось ли ему повидаться с родными. Он отвернулся, вышел в соседнюю комнату, и я услышала глухие рыдания. Справившись с собой, он рассказал, что брат погиб в бою, а родителей расстреляли в гетто за то, что их сын — "важный комиссар в Москве". Ему сообщила об этом колхозница, на плечах которой он увидел знакомую шаль, а на столе — знакомую скатерть: мы покупали их в Финляндии в подарок старикам».
Но война продолжалась, и нужно было работать несмотря ни на что. В 1944 году Борис Аркадьевич был назначен начальником отдела 4-го управления НКГБ СССР. По сведениям авторов книги «Все о внешней разведке»: «Курировал заброску нелегальной агентуры и разведывательно-диверсионных групп в оккупированные немцами страны Восточной Европы». С марта 1944 года супруга Рыбкина находилась на руководящих должностях в немецком направлении внешней разведки. Она, как и накануне Великой Отечественной войны, занималась аналитической работой, подсчитывала по переписи 1939 года население Германии, подлежащее призыву в действующую армию и на трудовой фронт. Вышестоящие начальники Зои Ивановны проводили соответствующие расчеты, учитывая предоставленные ею данные.
В последние годы войны Рыбкина работала начальником 1-го отделения 1-го отдела 1-го управления НКГБ. А Борис Аркадьевич являлся офицером связи со службами безопасности союзников на Ялтинской конференции (февраль 1945 года). И вот пришла выстраданная, великая Победа! Миллионы погибших, ожесточенные бои, разрушенные города — эта горькая страница мировой истории не будет омрачена забвением никогда. Триумф победителей фашистской Германии достоин славы и глубокого уважения. 9 мая 1945 года — величайший день XX века. И сотрудники органов госбезопасности СССР заслужили право памяти этой Победы.
По окончании войны Зоя Ивановна работала начальником 3-го отделения отдела «5 — А» ПГУ МГБ, заместителем начальника 3-го (немецкого) отдела 2-го (европейского) управления КИ при СМ — МИД СССР. А в сентябре 1947 года она с мужем впервые за свою двенадцатилетнюю совместную жизнь получили отпуск. Златоглавая Москва праздновала свое 800-летие. Но торжественные огни праздника супруги Рыбкины видели из иллюминатора. Самолет уносил их на чехословацкую землю…